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在万历年间（1573——1620年）中国成功地抵御了日本的威胁；但这场危机刚刚过去，汉人就要面对满族人的侵略了。
满族人是一个通古斯民族，与12世纪曾征服华北的女真人很有渊源。他们生活在松花江流域满洲北部的森林空地，靠近今天俄罗斯的普里莫尔斯克地区。这些森林中的猎人，生活在松树、冷杉和落叶松的广袤森林中，起初分裂为一些相互竞争的部落；但是，在17世纪初期，一位强有力的首领努尔哈赤统一了各部，并建立了历史上的后金王国。在这一时期，明朝控制着满洲南部，也即奉天一带及辽东半岛。努尔哈赤与明朝开战，并于1621和1622年占领了整个地区；1625年，他将奉天定为首都，今天在那里可以看到其陵墓。努尔哈赤甚至企图侵犯长城，但在遭遇耶稣教传道士为明朝皇帝设计的火炮时，他失败了。
努尔哈赤的儿子皇太极（1627——1643年在位），是远东历史上经常能发现的蛮族天才之一，他能将本民族的军事素养与对文明生活的一种本能领悟结合起来。皇太极意识到明王朝已经变得何其衰落和不稳固，因此坦然承认了自己的野心：有一天要成为中国的皇帝。为了让其民众配得上他为后者梦想的至高命运，皇太极致力于用中华文明来熏陶他们，正如另一位鞑靼征服者————伟大的忽必烈————在三百五十年前所做的那样。忽必烈及其蒙古人的成就，正是皇太极打算带领满族人去重复的。在1629——1630年冬天，他挺近到了北京的门户；但满族人的装备，还不足以进行一场围攻战。不过，在撤退之前，皇太极造访了金朝的女真诸皇帝之陵墓。12世纪的“黄金之王”，与皇太极有一种血缘关系。他主持了庄严的祭礼；这一神圣仪式，重申了两个民族之间传统的亲缘关系，并宣告了满族人要求得到北京城皇位的合法性。在奉天，皇太极的宫廷中有许多汉人顾问。1636年，他自封为中国皇帝，成为大清王朝的开国之君。
然而，无论满族人的定期侵扰给河北北部的乡村及不设防城镇造成多大的损失，总的来说，到这时为止，它对明这个政权并未形成严重威胁，后者依旧牢牢控制着长城的东部堡垒（从宣化到山海关）。要将中国交到其敌人手中，还需要一次由内战引发的内部变革。
北京的明朝皇帝崇祯（1628——1644年在位），温和文雅、心地善良，而且饱读诗书，但却是个软弱之君。正如中国历史上经常发生的那样，当中央政权变得软弱之时，全国各地的叛乱就会接踵而来。士兵们不满意他们的薪水，农民被饥荒所折磨，有组织的土匪团体，在反叛的将军或者大胆的冒险家领导下，着手掠夺乡村。这些冒险家中最为聪明的一个，名叫李自成。他是个受过教育的农民，后来成为强盗首领。1640年，李自成有效地控制了河南和陕西，1644年，他又向北京进军。在沿途，李自成发现朝廷完全没有防备。皇室军队中的精锐在吴三桂将军的指挥下，驻扎于远离都城的山海关，在那里抵挡满族人。李自成没有遭遇任何像样的抵抗，就进入了北京城。当地的叛徒为他打开了城门。同一天（1644年4月3日），不幸的崇祯皇帝上吊自杀，为的是不要活着落入造反者手中。
崇祯皇帝
迄今为止，一切已经对李自成有利了；但这位大胆的冒险家，忽略了山海关的帝国军队，以及其统帅吴三桂。一听到北京陷落及皇帝自杀的消息，吴三桂急忙与满族人达成了休战协定。后者不仅同意停战，甚至还将一支劲旅置于其麾下，以实施惩罚叛乱者的任务。当李自成听说前线军队与满族人达成对付自己的协议时，他非常吃惊，提出与吴三桂分享权力。后者拒绝了这一建议，并在他们首次遭遇战中，（在永平）大败李自成的军队。这个篡权者出于愤怒，下令处决了吴三桂的父母；从这时起，两人就结下了深仇大恨。神圣的孝顺之情与对复仇的渴望，蒙蔽了吴三桂的眼睛，让他失去了最基本的谨慎。吴三桂完全信任了满族人，与他们一道攻打北京。在他逼近时，李自成掠夺了皇宫的珍宝，放火烧了宫殿，随后退回陕西。
吴三桂画像
吴三桂与其满族盟友一起进入北京。随后，他对后者的合作表示感谢，并试图让他们离开。满族人则很快让吴三桂意识到了自己的错误：他们在北京有十万军队，经常还能得到来自奉天的新军队增援。满族人无视吴三桂的抗议，占领了北京的九门。他们的君主皇太极几个月前已经去世，留下一个六岁的儿子做继承人。现在，满族领袖们宣布这个孩子为中国皇帝，其年号为“顺治”。这也宣告了明朝已经丧失了“天命”。
被满族人欺骗的吴三桂，为形势所迫，成了他们的同谋，并不得不接受现状。满族人任命吴三桂担任富饶的陕西之总督，条件是他将李自成从这个省驱逐出去。最近的一系列事件，必定让吴三桂愤怒不已，如今，他将杀父仇人当成了出气筒。吴三桂毫无余地地追杀李自成，迫使后者退避远离陕西之地。最终，（1644年）他跨越河南与湖北，组织了一场名副其实的大追捕，并以这个前土匪头目的死而收场。
与此同时，在北京的摄政大臣，即小皇帝顺治的叔叔们，正在组建满族人政权。这些人有着良好判断力，并没有改变政府的形式；他们保留了各种不同门类的政府机构以及先前的雇员，只满足于在最重要的一些岗位上，给汉人首脑身边安插一个满族官员。征服者们强加于汉人，标志一个鞑靼王朝建立的唯一信号，就是让他们养成剃光前额的习惯。
北京的清政权，依然仅仅得到北方的承认。在南京，一个明朝皇子已经被宣布登基，而且整个南方都支持他。在占据了北京之后，满洲人首先关注的，就是扫平这个抵抗中心。1645年春天，他们的军队包围了南京，而这个明朝的傀儡皇帝————他想到求助于澳门的葡萄牙人，但已经太迟了————在其逃亡过程中被淹死。1645年5月9日，清军占领了南京。
汉人独立地位及明王朝的最后捍卫者，逃到浙江及广东地区；三位明朝皇子，逃过了其家族摧毁的灾难，试图组织抵抗。不幸的是，他们自己无法达成共识，并将其最后的兵力用在了自相残杀上；这么一来，（1645年）满族人不费力气就占领了浙江和福建。
广东内陆地区坚持了更长时间。最后，明朝的皇子朱由榔被立为皇帝，其年号为永历，建都于广西山区的桂林。满族人推进到了这里，但却被永历的拥护者打退。后者得到了三百名葡萄牙火炮手的帮助，他们是在尼古拉斯·费雷拉（Nicolas Ferreira）率领下由澳门赶来的。事实上，正是由于葡萄牙人的介入，才挽救了明朝的军队。这次干预很容易解释：因为傀儡皇帝最敬重的顾问，就是一名耶稣会士，名叫瞿纱微（Father Koffler）。朱由榔的皇后也是位基督徒，受洗时取名安妮；他的儿子名为君士坦丁，太后则叫海伦。他们最忠实的拥护者，英勇的瞿式耜也皈依了天主教，并取名托马斯。这位基督徒战士，为王朝的最后岁月带来了一线荣光。1650年，耶稣会士神父卜弥格（Father Boym）离开桂林，代表南明王朝，寻求基督教世界的援助。但就是同一年，一支庞大的满族军队，带着不惜一切代价征服两广的使命从北方出发。在他们逼近时，软弱的朱由榔非常害怕，不顾瞿式耜的劝告逃出了桂林。尽管被主人和一半的部下抛弃，瞿式耜依然带领剩下的追随者捍卫着桂林。最终，这座城池被攻陷，一直手握宝剑的瞿式耜被俘。满族人遵循他们既定方针，试图得到瞿式耜的支持，即使用总督一职来诱惑，但他拒绝背叛自己的主人。（1650年）瞿式耜被斩首，但鉴于其英勇无畏，征服者为他举行了一场隆重的葬礼。后来，（1651年）满族人占领了广州，而朱由榔则逃到了缅甸。
明朝事业的最后捍卫者，是海盗郑成功。他以国姓爷（Koxinga）一名，为荷兰和葡萄牙人所熟知（源自他的一个很驰名的中国称号）。
郑成功画像
郑成功是远东历史上最为奇特的人物之一，是那些海外中国人首席的也是天生的代表。他们在太平洋和印度洋的各条海岸进行的扩张，属于16世纪最为重要的一些事件之列。郑成功的父亲郑芝龙，原本是个平凡的渔夫，后来成为一名海盗头目。他年轻时在澳门生活，在那里接受了葡萄牙人的洗礼；接下来，他住在西班牙统治下的马尼拉，又从那里去了日本并娶妻，郑成功就是他们婚姻的结晶。郑芝龙返回中国之后，成为一个为明朝服役的海盗，并在浙江、福建和广东沿海与满族人作战。他被人出卖，成了满族人的俘虏，被押送到北京，此后再也未能回来（1646年）。他的儿子郑成功，发誓要为父亲报仇，再次投身大海：在神出鬼没的小船队带领之下，十六年间，郑成功对南部沿海各省的清朝总督展开了一场旷日持久的游击战。
郑成功的斗争，是从确保稳定的沿岸基地开始的。1653年，他在福建的厦门岛建立了一个海军基地，1656年，他又占领了崇明岛，那里控制着长江入海口。1657年，他沿长江而上，并冒失地围攻南京。在被击退之后，郑成功将注意力转到了台湾岛。自从1625年以来，荷兰人已经在那里定居。他在自己厦门的大本营中聚集了一支强大的舰队，于1661年4月30日在台湾登陆。经过一番长期围攻之后，1662年2月1日，他占领了荷兰人的要塞热兰遮（Zelandia）。他客气地给予了总督一切战争荣誉，却迫使这位荷兰人离开该岛。郑成功本来打算以同样方式，从西班牙手中夺取马尼拉，不过就在1662年7月2日，他于三十九岁英年早逝。
郑成功的命运很不平凡。他是一名华人基督徒与一位日本母亲的儿子，一个西班牙征服者的学生，因为外族入侵，被迫生活在自己祖国的边缘地带。相比其中国同胞，他的视野要明显广阔。毫无疑问，正是模仿了西班牙、葡萄牙与荷兰的航海家们，郑成功才构思出了在中国海域建立一个自己的海上帝国之大胆想法。历史学家对他的这些图谋非常感兴趣，因为这是先前的历史中绝对不可能出现的，一些最早的出乎意料的事情：中国人自己的航海与殖民事业。事实上，郑成功的冒险，可以说是开启了中国人大规模移民的新纪元，今天，在南海所有海域都能发现他们，从西贡到新加坡，从巴达维亚到马尼拉和夏威夷；这是一场极为重要的运动，其最终结果难以估计。
郑成功所建立的台湾政权，传给了其子郑经，后者不间断地从1662年执政到了1681年。郑经死后，1683年，台湾被清朝的康熙皇帝兼并。