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奥利弗·克伦威尔以军队提名人的身份上台。在处理国内事务方面，奥利弗·克伦威尔奉行的计划就是军队在请愿书和宣言中提出的计划。这时，奥利弗·克伦威尔被赋予了很大权力。根据《政府文书》，第一届三年议会将在1654年9月召开。这段时间，奥利弗·克伦威尔及国务委员会有权发布法令，“直至议会针对相关问题发布类似法令”。在这之前，政府法令具有法律效力。奥利弗·克伦威尔充分利用了这一规定。他上台后的九个月时间是护国制政府创造力喷发的时期。1653年12月到1654年9月，奥利弗·克伦威尔颁布了八十二条法令，几乎所有法令都在1656年他召开的第二次议会中批准通过。亨利·哈勒姆对比了奥利弗·克伦威尔和拿破仑·波拿巴，他认为奥利弗·克伦威尔不如拿破仑·波拿巴：“他没有进行任何立法，也不打算在建立宏伟的社会根基、改善社会制度上有所建树。”实际上，这些说法与事实恰恰相反。如果奥利弗·克伦威尔的改革热情没有在法典上留下任何痕迹，那是因为护国制期间通过的所有法律在复辟时都被废除了。
奥利弗·克伦威尔实施的国内政策的主要原则都包含在他的小对开本法令中。第一类法令只是延长即将到期的法案。第二类法令是应用于个人或地方的法令，其中一条法令释放贫困的囚犯，另一条法令为公路维护编纂法典，还有三条法令专门用于重组国库。第三类法令涉及爱尔兰和苏格兰的组建，还有长期议会一直没有完成的三国联合。但最明确体现奥利弗·克伦威尔国内政策的法令是针对法律改革、宗教仪式改革和国家教会的重组的三套法令。
自1647年以来，军队就要求改革英格兰的法律，“明确所有的诉讼和权利问题，改革诉讼过程的拖沓和争议”。长期议会接手了这项任务，取得略微进展后就停滞不前。小议会的做法简单粗暴，几乎是对所有法律的颠覆。奥利弗·克伦威尔重新启动了长期议会遗留下来的工作，并在他执政期间坚持不懈地推行下去。
奥利弗·克伦威尔意识到了法律改革的困难。“如果有人问我‘你准备怎么做’，坦白地说，我也不知道。”奥利弗·克伦威尔唯一能做的就是为法律改革挑选最合适的人，让他们自由发挥。因此，奥利弗·克伦威尔向律师们寻求合作，“决意将改革他们自身行业的荣誉交给那些穿袍子的学者”，并希望“上帝会让他们全力以赴”。奥利弗·克伦威尔的首席助手是马修·黑尔。1654年年初，马修·黑尔被任命为法官。1654年9月，在议会的开幕式上，奥利弗·克伦威尔宣布政府已经召集了“能力超群、心系国家利益的人，让他们着手改革，让法律更通俗易懂，减少人民的负担”。这些人已经提前准备了一些提案。其中最重要的一项是1654年8月21日颁布的规范大法官法庭的法令。这条法令于1656年获得议会通过。它不仅减少了诉讼费用，而且在现代律师看来，还包含了许多有价值的改革。当时的法律从业者，如布尔斯特罗德·怀特洛克，认为在新程序中还有很多行不通或是不可取的地方，但后来只做了一些修订就按时付诸实施了。
奥利弗·克伦威尔同样热衷于刑法改革。1653年4月，他刚解散了议会，就赦免了所有杀人犯之外的死刑犯。奥利弗·克伦威尔的目标是使法律“符合上帝的公平正义”。奥利弗·克伦威尔跟议会说，一些英格兰法律是“邪恶可憎的法律”。
我不知道为什么要随随便便因为偷了六便士、八便士就绞死一个人。为了一点儿小事就判人死罪，而谋杀者却无罪释放，这是法律不完善造成的……人们因为一些琐碎的事情就失去生命，上帝会看在眼里的。我希望这样的事情再也不要在这个国家发生，你们要抓住机会进行补救。
要实施这些计划，不仅需要律师协助设计方案，还需要议会配合，让这些方案成为法律。奥利弗·克伦威尔的第一届议会将所有的时间都花在了宪法辩论上，却没有对法律进行任何改革。第二届议会的情况也没有取得什么成果。虽然他们讨论了政府提出的关于建立郡区登记处和地方法院的法案，但最终不了了之。第二届议会完成了对封建刑罚的废除。这项工作是长期议会启动的，而查理二世的议会最终将它写入法典，但刑法的严厉和残酷直到19世纪才得到纠正。
奥利弗·克伦威尔改革风俗的想法获得了议会的支持。所有的清教徒都对此充满期待。长期议会已经通过了一些法案，规定要更严格地遵守礼拜日，更严厉地惩罚咒骂行为，并将通奸定为死罪。奥利弗·克伦威尔也颁布了一系列法令。其中一条法令宣布决斗“不为上帝所喜，不符合基督教教徒的身份，违背了所有的公序良约”。挑战者在六个月内不能轻举妄动，而杀死对手的决斗者将被判谋杀罪。第二条法令对禁止咒骂法案进行了补充，增加了禁止车夫、搬运工和运水工说脏话的特别规定，因为这些人“经常喝得酩酊大醉，亵渎神灵”。第三条法令禁止斗鸡。因为斗鸡经常会扰乱治安，还往往伴随着赌博和酗酒。第四条法令禁止六个月内举行赛马活动，不是因为赛马本身有什么问题，而是因为保王派会乘机“图谋不轨”。
奥利弗·克伦威尔召开第二届议会时，他呼吁议会进一步推进风俗改革的工作。他说：
我相信，我们的自由和繁荣取决于此项改革。如果看见人们恬不知耻，亵渎神灵，你们就要让大家以此为耻，而上帝必将保佑你们。毫无疑问，这反映了一个人的灵魂和精神状态。人即其思想。如果一个人保持思想纯净，这个人多多少少是有价值的。但如果一个人的思想污浊，我很想知道他和畜生有什么分别。他只会做更多的恶事。
议会批准了反对决斗、咒骂、斗鸡的法令，还拟定、通过了类似法案。其中一项针对的是流民和“游手好闲、不务正业”的人，而他们遍布全国各地。其中，在酒馆里弹唱音乐的小提琴手和吟游诗人也被囊括在内，“铁腕时代的偏激分子”将他们当作“流氓和流浪汉”，并宣布他们是惩治的对象。第二项法案针对的是伦敦的职业赌徒，他们将“欺骗引诱年轻绅士”当作职业。第三项法案要求严格执行清教徒的安息日。安息日这天，商店不准开门营业，制造业禁止开工。所有人禁止出门旅行，除非情况紧急，并手持法官证明，任何“在上述的日子里不敬神灵而四处闲游”的人将受到惩罚。所有旅馆和酒店在礼拜日这天必须关门歇业。不过，法案允许商店用不起眼的方式出售衣服和食物，因为“这些物品不能通过其他方式获得”。
这些严苛的立法，大部分收效甚微。在某些情况下，这些方案超过了时代的接受范围。陪审团坚决拒绝依据1650年的法案给被指控犯有通奸罪的人定罪，因此，是否真的执行过死刑也值得怀疑。在许多地方，地方当局要么漠不关心，要么胆小怕事。奥利弗·克伦威尔说：“我们也许有很好的法律，足以整治国家普遍存在的乱象，但谁来执行呢？”各地没有地方法官。“为了防止人们偏离正常轨道，和平时代的正义在大多数时候应该被当作一只猫头鹰来敬畏，而法律改革就是为了这个目的。”这正是1655年秋天奥利弗·克伦威尔在整个英格兰委派少将的意义所在。这些少将不仅是负责监视政府政敌的军官，而且是镇压所在区域的犯罪行为和不道德行为的警察治安官。在伦敦，托马斯·普赖德上校通过杀死熊来制止逗熊游戏，通过拧断公鸡的脖子来制止斗鸡活动。上任几个月后，爱德华·沃利少将吹嘘说诺丁汉郡已经没有游民了。少将们在每个郡区大量取缔了不必要的酒馆。不只是那些卑微的罪犯成为打击的对象，连富人和贵族也逃不过这些军事改革者的严厉惩罚。奥利弗·克伦威尔说：“堕落的人，就让他们沉沦吧！为了上帝的荣耀，任何外在因素都不能让他们免于正义的惩罚。”他声称派驻少将是“五十年来在减少罪恶和整顿宗教问题方面最有效的措施”。1657年春天，少将制度结束，奥利弗·克伦威尔担心宗教改革的工作就此停止。这次尝试为地方管理注入了新的活力，而这些措施在护国制期间也一直延续。
尽管有各项限制性的法律被颁布，但不能因此认为公共娱乐和体育活动被普遍禁止了。即使是清教徒也鼓励“合法的、值得推崇的娱乐活动”。1647年，长期议会禁止庆祝圣诞节和圣徒节日，但通过了一项法案允许仆人、学徒和学者一个月休假一次，让他们“在持续的日常劳动之外得到娱乐和放松”。奥利弗·克伦威尔自己也打猎、放鹰、打保龄球，一如老派的保王派乡绅。他告诉议会，禁止竞技、集会不是因为这些活动不合法，而是因为目前不合时宜。他虽然极力禁止礼拜日开业、取缔不必要的酒馆及惩治酗酒行为，但从来没有想过要完全禁止卖酒。他自己也喝葡萄酒和啤酒，并认为“因为担心人们喝醉而将所有的酒拒于国门之外的人”荒谬可笑。禁酒与公民自由的理念背道而驰。奥利弗·克伦威尔说：“如果因为担心一个人会滥用权力，就剥夺他的天然权利，这是狭隘、愚蠢的嫉妒。而如果他确实滥用了权力，就审判他。”
在奥利弗·克伦威尔进行的道德改革运动中，他更依赖教育和宗教的影响而不是立法的限制。他将“这个国家世俗贵族和绅士”的诸多不端行为归咎于教育的缺失。奥利弗·克伦威尔说：“我们的孩子在不识礼数、对上帝一无所知的时候就被送到法兰西，然后带着那个国家的浮华回来了。我们既没有在走之前好好教育他们，也没有在回来后好好约束他们。”作为一个党派，清教徒对教育表现出极大的热情，当时的时政小册子中也充满了关于改革和推广教育的计划。在这些时事讨论中，逐渐形成了国家应该在教育方面承担责任的现代理念。约翰·弥尔顿在1644年出版的教育计划只针对“部分贵族和乡绅青年”。1660年，约翰·弥尔顿主张在全国各地建立学校，向“仍然麻木无知、被忽视遗漏的所有群体”传播知识、礼仪和文化。在《非营利组织》一书中，詹姆斯·哈林顿声称，共和国的主要职责之一是通过免费教育培养未来公民。
詹姆斯·哈林顿
通常情况下，实干家落后于理论家。但在共和国时期，没收来的教会土地产生的一部分收入被系统地用于维持学校运转和支付校长薪资。奥利弗·克伦威尔也采取了同样的政策。在拨款资助苏格兰教育时，他公开宣称，政府“不仅有责任传播福音书，还要为孩子们建立学校，并提供相应的维护资金”。护国制政府驱逐了无能的校长，给称职的人颁发教师执照。政府还将对教育捐赠的合理管理当作日常事务的一部分。奥利弗·克伦威尔最早的法令中有一条任命了一批新专员，负责定期视察大学，并为大型公立学校设立一个永久的督察董事会。就个人而言，奥利弗·克伦威尔对大学的重组比对中小学教育更感兴趣。他极力保护大学免受小议会的狂热分子的攻击，这些人威胁要废除对大学的捐赠，甚至解散大学。1651年，奥利弗·克伦威尔被推举为牛津大学的校长。直到1657年7月，这个职位由他的儿子理查德·克伦威尔接替。奥利弗·克伦威尔与牛津大学一直保持联系，斥资建立新的神学读者群，并向牛津大学图书馆捐献了一些希腊手稿。他任命约翰·欧文为副校长。在副校长约翰·欧文的有效管理下，牛津大学取得了巨大成功。就连爱德华·海德也不得不承认，尽管牛津大学经历了多次视察和清洗，但“在各个领域的学问研究都取得了巨大突破”。
牛津大学校徽
奥利弗·克伦威尔还致力于在英格兰北部建立一所新大学。当时人们普遍认为，现有的两所大学不足以满足国家的需要。1641年，有请愿书提议在约克郡或曼彻斯特建立一所大学，后来又提议在伦敦建立一所大学。1651年，奥利弗·克伦威尔强烈建议为所有的文理学科捐资建立专门的学院，由杜伦学会会长和分会管理。他写道，这项计划“事关重大。上帝保佑，这将有助于促进这些贫穷落后、愚昧无知的地区的人学习知识、敬奉上帝”，并将带来“前所未有、意料之外的惊喜，结出神圣的果实”。但议会不为所动。1657年，奥利弗·克伦威尔亲自在杜伦建立了一个学院。这个学院迅速发展壮大，直到复辟时期才被取缔。
奥利弗·克伦威尔鼓励学者和作家。诗人埃德蒙·沃勒是他的亲戚，两人交往密切。他允许保王派托马斯·霍布和亚伯拉罕·考利结束流放回国。尽管约翰·克利夫兰因写讽刺清教徒的诗而著名，当他被一名少将逮捕时，奥利弗·克伦威尔还是放了他。约翰·弥尔顿和安德鲁·马维尔是奥利弗·克伦威尔的拉丁文秘书。此外，奥利弗·克伦威尔还雇用安德鲁·马维尔为他的一个监护对象做家教。他资助布莱恩·沃尔顿印刷他多种语言对照版《圣经》。詹姆斯·厄谢尔大主教死后，为了表示尊崇，奥利弗·克伦威尔专门给他举行了公开葬礼。
在奥利弗·克伦威尔看来，学术和教育与宗教密不可分。当他接受牛津大学校长一职时，他祝贺牛津大学在学术和宗教探索上“取得如此令人惊叹的成绩”，还希望牛津大学能够“对耶稣基督伟大而光荣的事业有所益助”。奥利弗·克伦威尔认为大学的主要功能是为国家教会提供牧师，因此，虔诚比学识更重要。五年后，他告诉议会：“我相信，上帝已经在大学青年的心中播下了伟大的宗教种子。他们不是研究书籍，而是审视内心。”奥利弗·克伦威尔决心保留国家教会，反对切断宗教和国家之间的联系。因此，奥利弗·克伦威尔希望发展高等教育，保护大学免受攻击。在这个问题上，全军都支持奥利弗·克伦威尔。在1649年提交给议会的《人民公约》中，军队曾经要求“将基督教作为国家的一项公共事业进行推广”。而政府的合法职能包括“指引人们信仰基督教，而不再使用强制手段”及“为这个目的供养有能力的牧师”。这些原则已经体现在《政府文书》中，而具体如何实施则落在了奥利弗·克伦威尔身上。
首先要解决的是神职人员的供养问题。小议会已经提议完全废除什一税，《政府文书》中也建议了一些替代方式。然而，奥利弗·克伦威尔认为，既然无法制定出令人满意的替代方案，就必须保留什一税。他说：“如果在通过立法解决牧师的供养问题前就贸然取消什一税，我会鄙视自己。”贸然废除什一税将“割断牧师们的喉咙”。和在长期议会统治下一样，护国制期间，增加教区牧师的收入是政府的长期政策。从圣公会土地获得的资金，加上对保王派恶意分子的罚款，使贫穷牧师的捐赠制度得到大幅改善。
1652年，约翰·欧文曾经向长期议会提出解决教会问题的计划。在他的基础上，奥利弗·克伦威尔提出了重组教会的计划。
1654年3月20日，奥利弗·克伦威尔颁布了一条法令，“批准公共布道”，并任命了三十八名世俗和教会委员在伦敦永久任职，负责审核所有职业牧师候选人的资格。委员们负责给候选人颁发证书，只要候选人“体现出主的慈悲，信仰虔诚，知识丰富，谈吐得体，适合传播福音”。而没有取得证书的人今后将不再发放俸禄。委员们没有权力强制执行任何教义测试，并明确声明审查“不准备针对任何人，也不应该被解读为对任何特定宗教派别和神职人员的排斥和隔离”。“审查官”的任务就是确保胜任宗教事务的人能领到国家发放的“公共津贴和生活费”。
确定了任命合适人选的方式后，对不合适人选的淘汰工作随即开始。1654年8月，第二条法令颁布。这条法令提出在每个郡设置地方专员，主要负责在各自的管辖范围内清除丑闻缠身、效率低下的牧师和校长。被驱逐的理由不仅包括不道德行为、宣扬教皇制和渎神观点，还包括抱怨政府和使用《祈祷书》。1654年9月，为了进一步完善这项工作，第三条法令颁布。该法令要求合并小教区，划分大教区和人口密集的教区。
托马斯·霍布
亚伯拉罕·考利
约翰·克利夫兰
布莱恩·沃尔顿
在奥利弗·克伦威尔的演讲中，他对这些法令效果的满意之情随处可见。他为神职人员的品格感到骄傲。奥利弗·克伦威尔说：“在圣公会时代，证书在牧师任命上几乎没起什么作用。只要能读懂拉丁文和希腊文，任何一人就可以得到任命。”然而，现在，“尽管专员们非常尊重学问，但即使是教区牧师和大学博士的资历，都不足以得到专员的认可”。审查官的原则是：“如果在他身上不能发现主的慈悲，就坚决不能批准。”
同时，奥利弗·克伦威尔也为国家教会得到广泛推广而感到自豪。教会容纳“三类虔诚的信徒”，也就是说，教会有三个教派：长老派、独立派和重浸派。审查官是从这三个教派中公平地选出来的。奥利弗·克伦威尔说：“不管审查官是出自这三类教派的哪一个，只要他具有信教最根本的东西，就可以得到批准。”在总结审查官和驱逐官的工作时，奥利弗·克伦威尔强调说：“自从基督教的地位在英格兰确立以来，英格兰从来没有获得过这样的服务。”
奥利弗·克伦威尔的满意不无道理。这两个委员会的专员都恪尽职守。虽然一些好人仅仅因为是保王派或使用祷告文而被驱逐，但大部分失去生计的人都罪有应得，而获得批准的人都胜任其职。长老派的理查德·巴克斯特一直反对奥利弗·克伦威尔和他的各项措施，但他觉得有必要对专员们表示肯定。
他们为教会做了许多好事，这点还是应该表扬的。他们让许多会众摆脱了傲慢无知、亵渎神灵、整日醉酒的牧师。这些牧师仅仅像人们做普通祈祷一样念一下布道，别的什么也不干。他们在礼拜日拼凑一两句好话，让听众昏昏欲睡，而其他的日子就一起在酒馆鬼混，日渐沉沦。此外，还有一类牧师要么宣讲反对圣洁的生活，要么宣讲一些人们压根就听不懂的东西。他们都将牧师职业当作一门谋生的行当，因此是绝不可能感化灵魂的。专员们将他们都驱逐出去，取而代之的是一些能干、严肃的传教士。新的传教士生活虔诚，教义宽容。因此，尽管专员中有很多人对独立派、分裂派、第五君主派、重浸派有些偏爱，对主教派和阿民念派有些排斥，但总体来说专员给教会带来的利远大于弊，而成千上万的人将因为这些审查通过的忠实牧师而感谢上帝。
在国家教会的范围外，宪法承诺“所有因为耶稣基督而信仰上帝的人”都有信仰自由。然而，英格兰圣公会和天主教被贴上了主教制和教皇制的标签。他们被认为是偶像崇拜，具有政治危险性，因而不在承诺范围内。实际上，尽管自1645年起就禁止使用《祈祷书》，许多东正教圣公会教徒还是设法保留了自己的方式。他们有时会根据记忆念《祈祷书》中的部分内容，有时则仅限于在布道和举行圣礼时保留自己的特色。许多被驱逐的牧师在私人住宅里举行小型集会，对此政府不再干涉。1655年的保王派起义让政策收紧。1655年10月，奥利弗·克伦威尔颁布公告禁止雇佣被驱逐的神职人员为牧师或校长。这个公告意在警告，并没有被严格执行，并承诺任何能证明“忠于现政府并对政府持良好观感”的人都应该被好好对待。整个护国制期间，保王派持续在伦敦集会。对于他们使用英格兰国教的典礼和仪式，政府睁一只眼闭一只眼。但只要发现新的阴谋，他们的集会就会受到士兵的干预。
尽管天主教教徒的命运相比以前有所好转，但他们的情况比英格兰圣公会的情况更复杂一些。1650年，对拒绝参加教堂礼拜的教徒处以罚款的法案被废除。一直有传言称，独立派打算提出宽容天主教教徒的议案。1654年6月，一名天主教神父在伦敦被处决，而除了传教士身份，他没有任何罪行。据说奥利弗·克伦威尔希望能赦免他，但遭到国务委员会的反对。1656年，朱尔斯·马扎林敦促奥利弗·克伦威尔对天主教教徒实行宽容政策。奥利弗·克伦威尔回答道：
对这一点我还不能公开表态。但我认为在我的政府内，与议会管理下的政府相比，您作为天主教教徒代表能抱怨的事要少得多。因为我和其他许多人都富有同理心。这和以前还是有区别的。我将许多人从宗教迫害中拯救出来。他们的良心受到专制折磨，财产被巧取豪夺。我谨此表态：一旦障碍消除，压力缓解，我将逐步改善现状，履行对您的承诺。
奥利弗·克伦威尔的承诺从未兑现。英格兰公众对天主教教徒充满敌意，不允许对他们实施法律上的宽容。奥利弗·克伦威尔在希望英格兰重新接纳犹太人时也遇到同样的阻力。1655年11月，博学的葡萄牙犹太人玛拿西·本·以色列[1]以医生的身份定居阿姆斯特丹，他向奥利弗·克伦威尔提交请愿书，要求允许犹太人在英格兰定居和开展贸易，并给予他们信仰自己宗教的自由。奥利弗·克伦威尔支持他的请愿书，并召集了一个由神职人员、商人和律师组成的委员会和国务委员会一起开会讨论这个问题。奥利弗·克伦威尔亲自参加了会议。一名听众说道：“我从来没听过这么精彩的演讲。”但神职人员为宗教考虑，商人们为生意担心，因此，犹太人所要求的法律上的宽容没有获得批准。然而，奥利弗·克伦威尔允许他们在私人住宅聚会礼拜，并给予一定的鼓励和支持政策，因此，犹太人在英格兰的重新定居实际是从护国制时期开始的。
玛拿西·本·以色列
奥利弗·克伦威尔面前的玛拿西·本·以色列
奥利弗·克伦威尔在处理贵格会事宜时也表现出了宽容。在共和国时期，贵格会教徒受到了迫害和监禁。贵格会信仰被认为是亵渎神明，而贵格会教徒被认为破坏公共和平。贵格会教徒攻击神职人员、在教堂大肆喧闹更是坐实了这些指控。在护国制期间，针对贵格会教徒的迫害仍然继续，直到护国主和国务委员会介入才有所缓解。1654年，乔治·福克斯与奥利弗·克伦威尔进行了一次长时间的交谈。乔治·福克斯写道：“我跟他谈了很久，针对宗教问题进行了一次大讨论。他的态度非常温和。”乔治·福克斯的认真和热情给奥利弗·克伦威尔留下了深刻印象：“就像我说的，他多次说‘这太好了，确实如此’。当我转身要走的时候，他抓住我的手，眼里含着泪水，说：‘希望您能再到我家来。哪怕您和我只待一个小时，我们都会更接近彼此。’他还祝我身体健康，就像他祝福自己那样。”确定乔治·福克斯不会再“拿起世俗的刀剑”反对政府，奥利弗·克伦威尔下令释放了他。1656年10月，他释放了一些被囚禁的贵格会教徒。1657年11月，奥利弗·克伦威尔又向所有英格兰和威尔士的大法官下发了一份通告。通告表明，尽管他绝不支持贵格会教徒错误的方式和原则，然而，贵格会教徒最近的所作所为是“出自精神上的错误认识，而不是对当局的恶意反抗”。他们“值得同情，应该将他们当作被迷惑误导的人来处理”。应该释放他们，今后对他们温柔以待，而不是施以苛政。
乔治·福克斯
贵格会标志
尽管奥利弗·克伦威尔很宽容，但他的宽容有限，有些观点并不能得到宽容。《政府文书》拒绝给予“表面以基督教为业，却行为放荡”的人自由。随后《谦卑的请愿和建议》将那些“发表渎神言论”的人也列在自由范围之外。奥利弗·克伦威尔说：
作为民事法官的惩罚对象，亵渎神明的亵渎者应该包括煽动暴乱者、好斗谩骂者、满口脏话者、诽谤他人名誉者、言论不当者。即使这些人假装问心无愧，实际上却行为不端，与福音书背道而驰，甚至与自然法则格格不入，就必然要受众人审判。而他们的罪恶一旦确认，就必须受到行政法官的制裁。我们法官的刀剑不应该只是摆设。军队也应该遵守这样的纪律，一旦发现有人犯了上述乱行，就绝不能容许他继续留在军队。
奥利弗·克伦威尔认为，一个秩序井然的国家，在这方面应该像军队一样。但即使是对待亵渎神明的行为，他也不愿意实施法律和大多数清教徒所要求的严厉惩罚。
詹姆斯·内勒是乔治·福克斯早期收的门徒，也是一名老兵。1656年，由于纵容狂热的追随者称自己为新弥赛亚，詹姆斯·内勒被当作亵渎者投入监狱。随后，议会举行会议，夺过司法权。经过几天的辩论，议会投票决定，应该给詹姆斯·内勒打上烙印，带枷示众，鞭打一顿后监禁起来。奥利弗·克伦威尔向下议院指出，议会已经越权行事。但奥利弗·克伦威尔抗议无效，需要政府施加影响才能使詹姆斯·内勒免于死刑。如果詹姆斯·内勒落在奥利弗·克伦威尔的手中，奥利弗·克伦威尔会如何处置他呢？这可以从奥利弗·克伦威尔处理约翰·比德尔的方式中略见一斑。在《谦卑的请愿和建议》中，一神论者被排除在宽容范围之外。1655年，约翰·比德尔被起诉，而根据1648年的《亵渎法案》，他肯定会被判死刑。约翰·比德尔请求奥利弗·克伦威尔进行干预。奥利弗·克伦威尔对他做出了严厉的批判。他说：“如果约翰·比德尔先生所持观点成立，我们的救世主耶稣基督不过是一个凡夫俗子。那么，所有像崇敬上帝一样崇敬耶稣基督的人，都是偶像崇拜者。”他因此得出结论，没有任何一个基督教教徒能支持这样的观点。然而，他还是阻止了对约翰·比德尔的审判。他发出逮捕令，将约翰·比德尔关押在锡利群岛的圣玛丽城堡。他的干预无疑救了约翰·比德尔一命。
詹姆斯·内勒
詹姆斯·内勒带枷示众
尽管奥利弗·克伦威尔的教会政策非常宽宏大量，但还是不能满足一些清教派系的要求。一些独立派反对建立任何国家教会，认为国家不应该通过任何方式干涉宗教事务。在支持这一观点的人中，最著名的是亨利·韦恩爵士和约翰·弥尔顿。约翰·弥尔顿说，治安官在宗教问题上根本没有强制权。正如大家所说，治安官的任务不是“解决宗教问题”，“他既不能规定我们信仰什么，也不能规定我们怎么去信仰”。他的职责仅仅是保卫教会。“如果不用再关注教会事务，他可以省下一半的精力，将共和国管理得更好。”
另一个独立派系以良心自由的名义，否认国家有惩罚亵渎邪恶的教义的权利。奥利弗·克伦威尔说：“他们告诉治安官，持有这种观念的人与治安官毫无关系。这些都是良心和信仰的问题，是宗教问题，而治安官跟这些有什么关系呢？治安官要管理的是人的外在行为，而不是人的内心世界。”奥利弗·克伦威尔对待危险观点的立场是，如果这些观点只是观点，就没有必要大题小做。“观念只会伤害那些有观念的人。”然而，当他们发展成行动，尤其是导致叛乱和流血时，情况就不同了。1656年，奥利弗·克伦威尔说：“我们的做法是让全国人民知道，任何宗教，不管用什么借口，只要一直保持安静和平，就应该享有良心自由。”由此可见，保持安静和平是必不可少的条件。1657年春，在第五君主派试图起义的那段时间，经常有传教士因为宣扬反对政府被捕。有一次，其中一个牧师约翰·罗杰斯的一些会众来到白厅与奥利弗·克伦威尔争论。他们控诉说他们的牧师因为信教而受到了迫害。奥利弗·克伦威尔回答道，约翰·罗杰斯是作为一个谩骂者、引诱者和煽动叛乱者而受到惩罚，而让违背福音书的人受苦就是让基督成为我们的守护神。他最后说：“上帝作证，在英格兰，没有人会因为信仰基督而受迫害。不，不要举着双手、瞪着眼，因为在英格兰没有人遭受这样的迫害。这里有信仰自由，我希望这种自由不会被滥用。在英格兰没有人为基督受难。”
奥利弗·克伦威尔所言非虚。他的政府是宗教改革以来英格兰最宽容的政府。在具体实施中，奥利弗·克伦威尔比法律更宽容，比大多数顾问更开明。而缺点是，对这个国家的大多数人来说，即使法律所保证的宗教自由有限，似乎也已经太多。包括清教徒在内的英格兰人还没有汲取宽容的教训。1655年，奥利弗·克伦威尔说：“人类灵魂中是不是总有一种奇怪的精神之痒？他们如果不能掐住兄弟们的良心，就总不知足。”他宣布，作为统治者，他的任务就是防止这类情况的发生。
如果所有权力都掌握在长老派手中，他们就会强迫所有人走和他们一样的路。第五君主派会如此，而重浸派也不例外。奥利弗·克伦威尔的工作就是让各种观点和平共处。这种情况类似于，人们在街上闹事会互相撞得头破血流。而奥利弗·克伦威尔像巡警一样分开他们，让他们相安无事。
虽然要说服这些彼此不和的教派合作难上加难，但奥利弗·克伦威尔还是尝试了。在他组建的清教徒教会里，除了接受基督教的主要原则外，不需要针对仪式、纪律或教义达成一致。与其说这是一个教会，不如说是一个基督教各教派的联盟。它们在国家的控制下共同为正义而奋斗。奥利弗·克伦威尔认为，在外在和细节上的不一致不仅不是缺点，反而是一种优势。他曾经写道：“所有信仰基督的人都拥有真正的统一，因为内在和精神上的统一更光荣。”
奥利弗·克伦威尔试图将宽容和包容结合起来，而这正是他的教会政策的独创性。这反映了他的性格。他的宽容不是因为怀疑和冷漠，而是出于对他人良心的尊重。他的教会博大精深，是他对各种清教主义广泛同情的结果。他对处理地方宗教纷争的地方法官谆谆教导：“要有一颗像基督一样博大的慈善之心。”他也激励小议会要有同样的精神。
照顾好整个羊群。爱护你们的羊，爱护你们的羊羔。爱所有，照顾所有。珍惜支持一切美好的事物。我认为，如果那些最可怜的、犯了大错的基督教教徒愿意在你们治下安享太平，只要他们愿意虔诚、本分的生活，就应该给予保护。
在伟大心灵先生的庇护下，所有去天国的朝圣者，无论是意志薄弱者、瞻前顾后者还是信仰坚定者，都安心地走着。对于清教徒而言，奥利弗·克伦威尔正是伟大心灵先生的寓言式再现。虽然奥利弗·克伦威尔的教会制度随着创始者的去世而消亡，但对英格兰的宗教发展来说，没人能比奥利弗·克伦威尔有更大的影响力。因为他，不信奉国教主义才有机会在英格兰生根发芽，茁壮成长，甚至复辟时期的暴风雨也没能将它连根拔起。
注解：
[1] 玛拿西·本·以色列，葡萄牙犹太法学博士、作家、外交官和出版商，创办了阿姆斯特丹第一家印刷厂。————译者注