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别所长治的自杀，对于石山本愿寺来说，又是一个沉重的打击。
对于用人，信长从不看重门第，敢于不拘一格地提拔有能力的浪人、下级武士或降将，比如羽柴秀吉、明智光秀、泷川一益、稻叶一铁等等。而对于颟顸无能，或者失去利用价值的臣下，即便是谱代重臣，也毫不留情地加以放逐，比如其后佐久间信盛和林秀贞所遭受到的严厉处置。这就使得织田家臣团始终保持活力，人人争功，不敢稍有懈怠，因而纵横畿内，无人可敌。
织田信忠杀入信浓国的同时，与武田氏仇深似海的德川家康也受命进攻骏河国。面对德川氏大军，继妹夫降敌以后，武田胜赖的姐夫穴山梅雪斋信君也在江尻城叛变。此外归降的大将还有朝比奈骏河守信置、依田源十郎信蕃等人。
武田胜赖听说妹夫信昌叛变，极为恼怒，果然征集一万五千大军，离开新府——武田氏原来的主城在甲府踯躅崎馆，新府是胜赖新建的本城——气势汹汹，杀往信浓木曾口而来。然而他的速度快，信长的速度比他更快，胜赖还没赶到木曾口，侧翼的伊奈口就已经被织田军先锋泷川一益、河尻秀隆占据了，要隘泷泽砦、松尾城先后陷落。
但是还有一种截然不同的记载，据说宗论持续了整整四个小时，最后以法华宗的胜利而告终，但在信长的袒护下，因果居士反而宣布净土宗获胜，其后信长即强迫法华宗徒在承认失败和保证不再非难他宗信徒的文件上签字。法华宗的势力当时在畿内地区非常庞大，并与臣服于信长的许多豪族力量相勾结，信长此举，无疑是用相对平和的手段打击和约束法华宗的发展。
军事上，信长利用“兵农分离”政策，极大加强了配下军队的战斗力，并且由脱离土地的武士为主体创建军队，也便于较长时间离开所属领地，进行长途远征。信长军纪严明，对于敌方领土进行毫不留情的屠杀和烧掠，对于本领百姓则甚为保护。
消息传到播磨，羽柴秀吉坐不住了，为了和柴田胜家争功，他统率两万兵马，突入因幡国（今鸟取县东部），包围了鸟取城。鸟取城是由毛利军名将吉川式部少辅经家镇守的坚城，周围由海、河等多道天险围绕，易守难攻。秀吉仗着人马众多，故伎重施，把鸟取城团团围困起来。从六月一直围困到十月，鸟取城中食、水皆尽，士卒饥渴之下，竟然割取同伴的尸体来烤食。吉川经家、森下道与、奈佐日本介三将只得切腹自杀，以自己的首级换取城兵一条活路。
到了天正五年（1577年）的六月，也就是上杉谦信出兵能登、加贺之前不久，这六艘巨大无比，外包铁皮，配有摇橹六十支，内置大筒（火炮）三门、中筒（大火枪）二十四支、小筒（火枪）六十八支的战船终于完工了，被称为“铁甲船”。由泷川一益的一艘大安宅船为前导，七舰组成的船团顺风离开伊势湾熊野浦，驶向濑户内海。本愿寺显如见状，急忙派遣船团来迎，双方在淡轮口展开激战，一向宗的小船很轻易地就被铁甲船打为齑粉。七月十七日，铁甲船团在堺（今大阪府堺町）港停泊，四方前来围观者人山人海，无不惊叹：“自古未见如此巨大坚固之战舰！”
除羽柴秀吉外，泷川一益时在伊势，细川藤孝留在丹后，池田恒兴留在摄津，未能与会，其余织田家的重要将领，几乎都参加了这场阅兵式。队列是这样排布的——
这般自由都市，在战乱中的日本，并非独堺一座，还包括近江国内的大津、草津，等很多地方。信长最重视商业，当然不会放过这些自由都市，在上洛之初，足利义昭为了拉拢他，许诺封给他畿内五国中的丰沃土地，信长婉言谢绝了，同时提出要求说：“在下唯愿得到堺、大津、草津三地代官（事务官）的任命权。”义昭一口应允。
第七队为旧幕府的公方众，包括细川昭元、细川藤贤、伊势兵库头贞景、一色左京权大夫满信、小笠原长时，等等。第八队是信长的小姓和马迴众。第九队是柴田胜家的北陆军团，同列还有柴田胜丰、前田利家、金森长近、不破光治、原长赖等将。最后才轮到信长出场，带着亲信侍卫、参谋人员和御用僧侣，包括平井久左卫门、中野右兵卫、青地与右卫门、松井友闲、武井夕庵，等等。
当时大部分封建诸侯并无常备兵，武士除还要担任行政任务外，也可能下地种田，农民逢有战争也会被临时征发入伍。信长采取“兵农分离”政策，把武士常备兵化，而禁止农民脱离生产，加入到争斗的行列中去。这一政策，后来在部分地区更发展为“刀狩”，即没收农民所持有的武器，以防转业和暴动。
经过武力压迫和政治威胁，一年以后，信长终于迫使堺屈服，承认他的唯一宗主权，并按一定数额缴纳赋税。控制堺市与堺港，大大充实了织田氏的军费和武器来源，而深通谈判之道的堺的豪商们，比如千宗易、今井宗久等人，此后也为信长和平统一许多地区，做出了不可磨灭的贡献。
织田信忠派使者前往招降仁科盛信，反被砍了脑袋，只得挥师强攻，担任先锋的是森长可、团平八、毛利秀赖、河尻秀隆，以及降将小笠原信岭。杀至三月二日，终于攻入本丸，最后把仁科盛信及其麾下十八将包围在居馆内。当时信忠身穿金襴阵羽织，倚着一株梧桐树指挥战斗，正在此时，忽有一名三十多岁的女人，穿着红色铠甲，手提薙刀【当时一种长柄战刀，刃窄而薄，多为僧侣、女性使用。】冲杀出来，且战且呼：“我乃诹访（指武田方将领诹访胜右卫门）之妻，谁来与我一战！”竟然连杀七、八人，直冲到信忠身边，但终因身陷重围，最后以薙刀自刺己喉而死。
前此命令信盛领兵增援德川家康，在三方原与武田信玄作战，平手汎秀等多名武将战死，而信盛却贪生怕死，早早逃回。这样胆怯的将领，织田家是不需要的！
于是在朝廷特使近卫前久、劝修寺晴丰、庭田重保等人的安排下，本愿寺显如写下誓书，宣布停止对织田信长的抵抗，净土真宗放弃根据地摄津石山，以及北陆的加贺国，前往它处和平传教。显如上人随即离开石山本愿寺，遁往纪伊的鹭森隐居，其子光寿（教如）仍然不舍这座本寺，但坚持到当年八月二日，终于还是被迫离开了。
信长闻讯，就派菅屋长赖、矢部家定、堀秀政、长谷川秀一等人前往调解，灵誉长老一副恭顺的态度：“老僧谨遵上意。”但法华宗仗着人多势众，门下弟子很多都出仕于织田家或与织田氏重臣交好，坚决不肯退让。
正月二十五日，信长下旨修葺伊势神宫。去年装修石清水八幡宫，信长一开始下拨了三百贯经费，后来增加到一千多贯，这次再度大兴土木，他毫不吝惜地直接拨发了三千贯，以向百姓们显示其富裕。
「武田氏的覆灭」
「放逐重臣」
木曾氏本是信浓国豪族，与村上、诹访、小笠原三家并称“信浓四大将”，后来臣服于武田信玄，信玄把女儿下嫁给义昌，付以镇守西境之重责。长筱之战后，武田胜赖的威望一落千丈，尤其在破弃甲、相同盟，以及被德川氏攻克坚城高天神而不往救援两件事上，更使家臣们离心离德。木曾义昌看到天下大势已经无法扭转，于是在神户（织田）信孝的努力下，主动投降了织田信长。
「自由都市堺」
虽然铁甲船规模巨大、防护严密，又配有相当数量的新式火器，但终究数量有限，要直接面对数百艘敌船，胜算仍旧是相当渺茫的。深通水战之道的九鬼嘉隆看清了这一点，于是指挥船团尽量不与敌船靠近，而只远远地用大炮和铁砲轰击。毛利氏水军发射的火箭密集如雨，却根本无法射穿覆盖在织田氏战船船体外的厚厚铁甲，而因为距离不够，手抛焙烙玉也完全无法掷中目标。在这种情况下，胜负本是显而易见的，九鬼嘉隆顺利地将毛利氏水军击败，血洗了第一次木津川口海战的败战之耻。
十月二十六日，为了救援遭到吉川元春攻击的伯耆国（今鸟取县西部）豪族南条勘兵卫元续和小鸭左卫门尉元清，羽柴秀吉出兵伯耆国羽衣石城。十一月，他与池田元助合兵南下，又平定了淡路岛。连番奋战，捷报频传，并且向安土城献上了大量战利品，“古今闻所未闻，上下耳目皆惊”，羽柴秀吉因此受到信长赞誉：“因幡国的鸟取是著名坚城，面对坚城、强敌，不顾自身安危，亲统大军，快速平定一国，此前代未闻之功也！”赏赐给秀吉十二种名品茶器。
此后，铁甲船团就以堺港为据点，频繁出击，配合陆军再度把本愿寺团团包围起来。九月三十日，织田信长亲自入堺，视察九鬼嘉隆的成果，受到当地百姓和商人们的焚香膜拜。
为了重建封建秩序，信长采取严刑峻法，还在尾张时代，就颁发了“一钱斩”的政策，即抢劫、偷盗一钱者亦施以斩首之刑。这种重刑主义使他招致了“暴君”之名，也引起各方敌视，但客观上有利于统治权力的加强和辖下领地的社会安定。
本愿寺显如把和、战之议交给“年寄众”（商讨和决定大政方针的职位）下间丹后守、平井越后守、矢木骏河守、井上出云守和藤井藤左卫门尉讨论，众人一致认为：时势如此，不可改变，如果拒绝朝廷来使，信长必将展开全面进攻，近年来，荒木、波多野、别所等势力如同狂风落叶般被一扫而空，净土真宗的门徒们绝不能尽数覆灭于此。
堺在战国时代的日本，是一个极为特殊的存在。堺港位于濑户内海西岸，最初重要性远不及尼崎、兵库等港口，但在应仁之乱以后，细川氏统治此地，将它作为勘合贸易【明朝限制对外贸易，日本商船必须持有幕府颁发的“勘合”（一种凭证）才准靠岸，此种贸易形式即为“勘合贸易”。对于日本诸大名来说，掌握了勘合贸易，要强过掌握十座金山。】的基地，这才逐渐繁荣起来。除对外贸易外，堺也以刀剑、绢织物、漆器和铁砲生产闻名全日本，成为周边封建大名垂涎的一块肥肉。
天正八年（1580年）正月十七日申时（下午三到五时），别所长治把年仅三岁的幼子抱上膝头，流着泪将其刺死，然后又杀死自己的妻子，和儿子的尸体并排放在席上。最后，他才请三宅肥前入道担任介错，切腹了结了性命。
以佐久间信盛为主将包围石山本愿寺足足五年，因为信盛的无能和怠惰，使得战争无法尽快结束。与此同时，明智光秀夺取丹波国，羽柴秀吉攻克了中国地区大片领土，柴田胜家即将平定加贺国，就连池田恒兴也亲自领兵攻克了花隈城，他们数人在织田家中的资格，比起佐久间信盛来都远远不如，为何所建功绩大过无数倍呢？是不是信盛仗着资格老，以为即便尸居素餐，织田家也会供养他一辈子呢？
纵横濑户内海十数年的毛利氏水军大败亏输，这对毛利氏和本愿寺两方都产生了巨大的心理压力，对织田信长威信之上升，也起了相当重要的推波助澜作用。铁甲船的制造，在日本古代战争史上确实是一大创举，但这创举的设计者究竟是信长本人，还是具体执行者九鬼嘉隆，可就没有人知道了。
当然，义昭本人根本就无法控制这三个自由都市，他只是开了一张空头支票，具体兑现，还要靠信长自己。当时的堺，名义上是由三好氏控制着，实际上具体事务仍由当地的门阀豪商组织负责，三好氏在堺派驻代官，只负谈判和收税之责。当信长击败了“三好三人众”，降伏了三好义继和松永久秀以后，他为了将堺纳入自己的管辖范围，就下令堺的管理机构交出矢钱（军用金）三万贯。在遭到拒绝以后，信长准备动用武力征服，堺遂联合另一享有自治权的都市——摄津的平野，合兵抵抗织田军的进攻。
就这样，曾经纵横一时，天下皆惊的名门武田氏，在短短一个月内就灭亡了，最终连西上野的真田昌幸和小幡信贞也倒戈投向织田方。四月二日，织田信长来到甲府，论功行赏，把甲斐国封给河尻秀隆，信浓国的高井、水内、更科、稙科四郡封给森长可，上野国和信浓国的佐久、小县两郡封给泷川一益，美浓国的岩村城给了国景春江，金山城给了森长定（兰丸）……他还把骏河一国赐予德川家康。然而织田信忠却对小山田信茂的背主逆行大感厌恶，命堀尾茂助吉晴将其斩首。
但这仅仅是开始。数日后，信长又放逐了曾与佐久间信盛同为织田信秀托孤重臣的林秀贞，以及安藤守就父子和丹羽右近氏胜。一口气放逐那么多重臣，织田家中舆论立刻哗然。家臣们大多灰心丧气地认定，信长是认为这些人已无利用价值，因此将他们一脚踢开，大家深恐自己将来也有这样一日。但信长这样做，或许是为了激励家臣们努力工作，或许是在天下大定前，先排除掉织田家中不稳定的因素，扫尽怠惰之风，他对家臣们的看法、忧虑，是根本不会放在心上的。
天正七年（1579年）新春来到的时候，织田信长已经四十六岁了。他在即将完工的安土城召见诸将，举行了盛大的新年宴会。五月，安土城竣工，信长于当月十一日正式移住到此。他才到安土，就突然听说了一件有趣的事情：佛教净土宗的灵誉长老从关东千里迢迢来到安土城传教，和当地占统治地位的法华宗产生了冲突。法华宗各寺院住持提出要和灵誉长老展开一场盛大的“宗论”（宗教辩论会），以定胜负。
武田胜赖逃回新府后，立刻召开紧急军事会议商讨对策。新府肇建，设施不全，当然无法凭以固守，重臣真田昌幸主张退至上野国吾妻郡的岩柜城，老臣小山田信茂则主张守备天险岩殿山城，胜赖采纳了后者的建议。
当年八月，信长意犹未尽，又在安土城外搞了一次大阅兵，盛况毫不逊色于年初在京都的表演。
「信长的政策」
「大阅兵」
佐久间信盛接到这份文件，如同耳闻晴天霹雳。他想要为自己分辩，但信长主意已定，不容更改。很快，就由楠长韵、松井友闲、中野右兵卫三人押送佐久间父子前往纪伊国高野山。昔日不可一世的织田家宿老，现在光着头，脚穿草鞋，步履蹒跚地行进在渺无人烟的荒草野地中，此番情景也算颇为凄凉了。
这场宗论在日本佛教史上具有相当重大的意义，而对于认识织田信长的宗教政策，也不无裨益。信长没有禁止宗论，更没有抬出其它宗门甚至天主教来压制争斗的佛教徒，说明他的宗教政策是相对宽松的，也是相对自由的。他并不是一个天主教徒，而仅仅用强力应对比叡山延历寺、石山本愿寺等拥有武装、妨害其“天下布武”的佛教势力罢了。延历寺已化焦土，本愿寺朝不保夕，信长遂开始扶持对自己统治有益的佛教宗派。他是一个复杂的封建政治家，而非简单的宗教迫害者。
在反抗封建大名横征暴敛的过程中，堺逐渐由门阀豪商组织起独立的管理机构，征召雇佣兵保卫城市，并且统一向封建大名交涉和缴纳赋税，变成了一座自由都市。耶稣会传教士伽斯巴尔在参观过堺以后，称其“富庶而和平，象意大利的威尼斯那样实行自治”。
政治方面，织田信长不但挟幕府将军以号令天下诸侯，并且尊奉天皇朝廷，希望建立双头傀儡政治，对足利义昭产生一定制约。放逐义昭以后，他在恢复朝廷影响力的同时，也尝试将其彻底掌控在自己手中。天正六年（1578年）四月，信长提出辞呈，以“征伐未尽其功”为借口，放弃了朝廷赐予的一切官职，他说，待等到“万国安宁、四海平均”之际，再任官职亦无不可。他修缮二条御所，请最具天皇继承人资格的诚仁亲王搬来此处，加以大力扶持，无疑是想在当时的正亲町天皇退位以后，可以拥立一个彻底听话的傀儡政权。
当晚西风正紧，本愿寺中突然腾起火光，随即火借风势，越燃越旺，连续焚烧了三天三夜，将这座宏伟寺院变为白地一片。这把火究竟是谁放的呢？有人认为是织田军下的手，有人认为是本愿寺教如不甘心本寺落在敌人手中，宁可将其焚为灰烬——又是一个难解的历史之谜。
经过此战，信长控制了濑户内海东部的制海权，加上羽柴秀吉在播磨地区的奋战，使得毛利氏从水陆两线都无法再增援石山本愿寺。于是对本愿寺的包围战又延续了一年多，到了天正八年（1580年）的闰三月，信长最终迫使本愿寺显如投降。
如前文所述，安土城内的总见寺，就是弗洛伊士这种评判的最佳注脚。
北条氏的使者来到安土城的第二个月，也即当年的闰三月，织田信长与石山本愿寺最终达成和睦协议。可是石山战争才刚结束，信长就开始大刀阔斧地整顿内部秩序。八月中旬，他突然发给重臣佐久间信盛、正胜（信荣）父子一份责难书，内列的十九条目，大都用不容置辩的严厉语气，指责佐久间父子骄傲、懈怠和无能，决定给予严惩。主要内容如下——
法华宗派出了常光院、九音院、妙国寺的住持，以及长命寺日珖、普传等高僧前往参与宗论，他们一个个华丽的法衣裹身，摆出骄横态度，还让妙显寺的大藏坊携带纸笔，展开八卷本《妙法莲华经》担任记录。净土宗除灵誉长老外，还派出安土田中的贞安长老，都自带笔砚，穿着朴素的黑色僧衣前来赴会。
「石山战争的终结」
信长的这些政策，在他统治时期，很多只在部分地区开始试行或实行，要等其后丰臣政权的时候，才加以全国普及化。可以说，丰臣、德川两代的统一政权，是在信长政治和经济制度的基础上完成的。
弗洛伊士对于信长的宗教观，曾在日记中这样写道：“在这个日本男人眼中毫无神明可言，他认为自己就是神……信长聚集全国的神像与佛像，他的目的并不是要崇拜这些偶像，而是要这些神佛崇拜他。他认为自己才是神，在他上面根本没有创造万物的神！”
这些政策打破了旧的封建庄园制，完善了一元化统治的封建领国制，把农民牢牢圈禁在土地上，同时也巩固了织田氏的统治，稳定了地方政局。
上杉景虎本名北条氏秀，乃是北条氏政的亲兄弟，他打不过景胜，就请求兄长氏政出兵相助。相模和越后两国间相隔千山万水，远水难救近火，于是氏政就致信距离较近的武田胜赖，请他率先出兵。上杉景胜闻讯大惊，急忙派使者前往甲府踯躅崎馆，以割地和奉纳大量金钱为条件，要胜赖站到自己一边来。
如前所述，受其父织田信秀的影响，从尾张时代起，织田信长就非常注重商业的发展。当时日本大小诸侯割据，道路残破，关卡林立，城下町的商业也多被当地行会所垄断，非常不利于商品经济的发展。信长花很大精力修葺道路和桥梁，废除领地上的关卡，同时在部分地区施行“乐市乐座”制度，以打破行业垄断。他还铸造“大判”（一种金币），统一领内的货币。
日本史书中往往记载说在本年度，信长和本愿寺达成了和睦，然而名虽和睦，其实本愿寺势力等于彻底向信长缴枪，表示臣服。持续了十一年的石山战争，就此才终于落下帷幕。
其后，由织田信忠统率着织田氏一门众，包括织田信包、北畠信雄、神户信孝、津田信澄、织田长益（有乐斋），等等。第六队是公家（朝廷）众，包括近卫前久、正亲町中纳言季秀、乌丸中纳言光宣、日野中纳言辉资、高仓中纳言永孝，等等。朝廷官员，竟然参加信长的阅兵式，这无疑是在向天下宣告，信长才是日本真正的统治者，无论百姓、武士，还是朝廷，都必须俯伏在他的脚下。
其它抛弃尚武精神、沉溺于茶道、奉公不力或违法乱纪之事，不胜枚举。现将佐久间父子放逐，令其剃发出家，隐遁高野山中，仔细忏悔自己的罪过！
第一队，由丹羽长秀统率摄津众、若狭众和西冈的革岛氏。第二队，由蜂屋赖隆统率河内众、和泉众和根来寺的大塚、佐野众。第三队，由明智光秀统率大和众和上山城众。第四队，由村井贞胜统率根来众和上山城众。这是第一批出场的部队。
第二年是天正九年（1581年）。二月二十八日，织田信长在京都举办了盛大的阅兵式（御马揃）。他在事前就严令部下，必须穿着设计精巧而且华丽的衣甲，以显示军容之盛。信长本人头戴唐冠【模仿我国唐宋时代乌纱帽形质的日本官帽，同样后插帽翅。】，外罩金纱的礼服——据说这是中国和印度帝王们所习惯穿着的高级织品——内穿蜀江锦的小袖（一种日式礼服），骑着经过精心装束的名马“大黑”。部属们也都为装饰而费尽心机，据说家臣山内一丰为此竟然连妻子千代的私房钱都花光了。
信长麾下诸将捷报频传的天正七年（1579年）过去后，历史又迈进了天正八年（1580年）。正月，播磨三木城被攻克，城主别所长治切腹自杀，三月，关东地区的战国大名北条氏政派来使者与信长联合，要求全力攻击已经日暮途穷的武田家。
正因如此，铁甲船团才得以将堺港作为封锁石山本愿寺的前线基地，而信长停船在此，并亲往视察，也是为了向堺的商人们炫耀自己武力之盛，以期赢得他们更多的金钱和物资支持。看到自己这一目的顺利达成，堺的百姓如同膜拜天神一般迎接自己，信长大为高兴，重赏了九鬼嘉隆和泷川一益。
目光短浅的武田胜赖为了尽快恢复因长筱之战而日益衰退的势力，垂涎领土和金钱，就答应了景胜的要求。这样一来，他等于撕毁了甲、相同盟，反而与越后国上杉氏结盟。最终上杉景虎败死，景胜成为越后国主，北条氏政为此恨得牙痒痒的，于是派使者前往安土城联络信长，请求从东西两个方向夹击武田氏。
「安土宗论」
从主观方面来看，信长目空一切的劣习，反过来使他藐视权威，敢于打破旧的统治秩序，敢于不择手段地去谋取胜利。无论在经济方面、政治方面，还是在军事方面，他所进行的一系列改革政策，都为最终统一畿内和近畿地区打下了牢固的基础。
这场宗论，出乎意料地很快就结束了，据说开场没过多久，贞安长老就把对方驳斥得哑口无言。灵誉长老手持折扇，舞蹈一曲，宣告本方获得了彻底的胜利。围观群众欢声雷动，纷纷冲破警戒线，挥拳驱逐法华僧众，并且撕抢他们身上华丽的法衣。法华僧众被迫抛弃了纸笔和《妙法莲华经》，夺路而逃。信长也欢喜赞叹，赐予灵誉、贞安两位长老纸扇为礼，并警告法华僧众说：“你们回寺去潜心研究学问吧，不得再对他宗佛徒诸多刁难。”法华宗的首脑们纷纷辞职，并呈交誓约，表明再不敢非难他宗门人了。
战国乱世，群雄并起，而历史最终选择了一个来自尾张国的小诸侯织田信长，交付他统一日本的重任，虽有一定偶然性，但更多的则是无法抹杀的必然。从客观上来说，尾张国地处土地富庶、交通便利、商业相对发达的浓尾平原上，并且距离京都较近，置于这个四战之地的势力，很有可能因各方向的压迫而反弹，为了家族的生存而加快对外扩张的势头，同时也非常便于进入京都，进而掌控天下。
攻入甲斐国的时候，织田军还放火烧毁了供养武田胜赖遗体和窝藏六角义贤之子佐佐木二郎的惠林寺，寺中长老快川绍喜自投火中寂灭，临终口唱《碧岩录》中的偈子：“灭却心头火自凉。”
武田信玄毕生最为得意的就是用人，所谓“人是城，人是石垣，人是堀”，然而曾经团结一心的牢固的武田氏家臣团，在胜赖的领导下，竟然纷纷举城投降，余者也大多弃城而逃回甲斐，这真是所谓的“众叛亲离”了。
二月一日，留镇岐阜城的织田信忠派人快马禀报安土：“武田氏重臣木曾义昌愿意归降，并送上其弟上松藏人义丰作为人质。”信长闻报，大喜若狂。他料到武田胜赖定要大起三军，杀向木曾地区问罪，于是也点集兵马，委任信忠为主将，准备开始大规模的甲、信攻略战。
对本愿寺的长年包围战，使信长感到很不耐烦，继续围困下去徒耗军力，发起总攻又有长岛的前车之鉴，恐怕损失惨重。信长相信净土真宗的门徒在自己政战两道的压迫下已经再无复兴之力了，于是决定放这些捣乱的和尚们一马。他请求朝廷颁下诏书，迫使本愿寺投降。
正月二十七日，纪州杂贺的铃木党、土桥党打了起来，据说是因为土桥若大夫平次曾杀死过铃木佐大夫重意的继父，重意要为父亲报仇。现在普遍认为，土桥平次是杂贺党反织田势力的首领，因此铃木氏之动兵是暗中受到信长挑唆和支持的。隐居鹭森的本愿寺显如出面调解无效，结果重意团团围住了土桥氏的居城。时隔不久，织田信长派一门众织田左兵卫佐信张领兵进入杂贺地区，协助铃木军将土桥一党彻底扫平。
在农业方面，信长一方面强力镇压百姓的暴动，一方面确定封建领国制，采取“兵农分离”等政策，力求将农民牢牢禁锢在土地上。对于敢于抵抗的地方割据势力，信长毫不留情地将其剿灭，并且往往连带屠杀无辜，以震慑附近诸侯；对于主动投诚的势力，则发给“所领安堵状”，用誓约形式确定其在织田政权从属下的领土所有权。其后在部分地区还实行“检地”政策，丈量土地，计算年贡，禁止辖下诸侯虚报田地和产量，便于中央统一规划控制。和泉国槙尾寺因为对抗检地，立刻就被信长的亲信大将堀秀政一把火烧为灰烬。
盛大的阅兵式哄动了京都内外，围观群众人山人海，无不欢呼赞叹。《信长公记》称此盛况“见物成群集，贵贱惊耳目”，在场观礼的公卿吉田兼见则在日记里写道：“规模极尽华丽雄伟，实非笔墨可以形容。”远在西线和毛利军对战的羽柴秀吉未能出席阅兵式，深为遗憾，写信向信长的近侍打听：“阅兵之事已略有耳闻，望能告知其详，以解渴怀。”
且说为了重组对石山本愿寺的包围网，为了击败毛利氏水军，控制濑户内海，在天正四年（1576年）木津川口海战败退后，信长就下令九鬼大隅守嘉隆在伊势湾建造六艘巨大的新式战船。前文提过，九鬼氏本是志摩国的豪族，拥有强大的海军力量，还曾经作为倭寇的一部分，侵扰过我国东南沿海，因为船上习惯打着“八幡大菩萨”的旗帜而被称为“八幡海贼”。九鬼嘉隆是在遭到伊势国司北畠氏的进攻时，经泷川一益介绍，臣服于织田信长的。
北条氏和武田氏本来是结有盟约的，是谓甲、相同盟，然而北陆上杉氏的内乱，却使这种同盟关系彻底破裂了。且说上杉谦信笃信佛教真言宗，毕生没有娶妻，遗命将越后国守护之位传给养子上杉景胜，而将关东管领之职传给另一名养子上杉景虎。可是谦信的尸体还没有冷，这两个养子就为了抢班夺权而开始大打出手。
这种骄横的态度，丝毫不计人类情感的雷霆手段，也最终导致了信长本能寺被围身死的悲剧。
于是信茂先回岩殿山城准备，胜赖则放弃新府，经韮崎、甲府，过笹子峠前往岩殿山。他前脚才离开，织田军就杀到了，放火将新府烧为一片白地，然后一路紧追。三月九日，在笹子峠麓，小山田信茂突然起了反心，夺回人质，并命令士兵用铁砲攻击胜赖所部。胜赖只得逃往日川溪谷，部下五百余人纷纷奔散。三月十一日，在泷川一益的猛追不舍下，武田胜赖带着妻子儿女一起在天目山自杀，留下辞世句：“朦胧之月被云遮蔽。云逐渐散开，终于月落西山。”其妻小田原氏的辞世句则是：“在晚春中渐次凋零，忧恨驻足于树梢花端。”
天正十年（1582年）正月，畿内大小诸侯都前往安土城觐见织田信长，恭贺新春，在他们行至总见寺、百百桥一带的时候，突然路旁石墙塌方，压伤了不少人。总见寺本是信长本人“神性”的代表，其附近发生的塌方，被认为是天下又将变乱的不祥之兆。
战况空前惨烈，直到森长可亲自攀登上屋，掀起顶板，命令铁砲手向内发射，仁科盛信自度终不得免，这才切腹，洒出肠子而死——时年仅二十六岁。据说后来盛信投肠之处，血痕久久不能灭尽；而信忠所倚的梧桐树，犹有刀痕纵横其上。
且说正当九鬼嘉隆击败毛利氏水军，柴田胜家在北陆地区攻入加贺国，畿内诸将如丹羽长秀、蜂屋赖隆、细川藤孝、池田恒兴等人杀入摄津国，讨伐荒木村重之际，织田信忠和羽柴秀吉在中国地区东部也打得颇为顺手。羽柴秀吉采取长期围困策略，把三木城包围得如同铁桶一般，毛利军数次尝试突破一点，好往城内运送粮食，却都被秀吉击退了。在包围了一年多以后，三木城兵粮吃尽，士兵和百姓们只得捕捉老鼠、屠杀战马为食。城主别所小三郎长治悲叹之余，只得以自己切腹自杀，献出城池作为条件，要秀吉放部下和城内百姓一条活路。
为了打破织田军的石山本愿寺包围网，天正六年（1578年）十一月六日，毛利氏再度派出由六百艘大小战舰组成的庞大船团，驶近木津川口。得到消息的九鬼嘉隆急忙率铁甲船团迎战，两军从早晨六时一直恶战到近午——这就是第二次木津川口海战。
信长统率着这支规模庞大的游行队伍，进入京都谒见天皇，然后三月五日又浩荡离开，再度引发围观百姓的惊叹。去年年底，柴田胜家已经彻底讨平加贺一揆，向信长献上若林长门、宇津吕丹波、岸田长德等一揆大将首级十九枚，他此次参加过阅兵式后，火速回归北陆地区，又很快击退上杉景胜，基本统一了能登国，并再次进献大量战利品。信长颇为满意，并随即派丹羽长秀谋杀了越中豪族石黑、伊藤、水卷等人，以防他们再生变乱。
信长说：“好吧，那就在我面前展开一场宗论吧，让我看清楚是非曲直。”他招来日野的高僧景秀铁叟长老，以及安土本地的因果居士作为评判，并择定安土城外净土宗的净严院作为宗论场所，派织田信澄、菅屋长赖、矢部家定、堀秀政、长谷川秀一等将领兵警护。
侧翼被敌切断，武田大军被迫向后退去，一溃千里。织田方将领森长可本来受命进军木曾口，支援木曾信昌，赶到目的地一看，却不见一个敌人的踪影。织田军进入信州，第一次遭遇到的有规模的抵抗来自高远城守将仁科盛信。仁科盛信是武田信玄的第五个儿子，过继给信浓国名门仁科家，据说他勇猛善战，并且为人公正平和，深受领民爱戴，当地遂有民谣，对比盛信和他的前任武田胜赖（胜赖在归宗前曾镇守过这一地区）：“武田殿下贪于得，吾民岁取难为食，仁科殿下慈悲深，所获成山感大德。取彼身家延尔寿，我祈天道有其直！”
为了将织田氏政权重新名正言顺地纳入天皇朝廷体系，天正九年（1581年），正亲町天皇派遣女官到信长处，希望他可以担任左大臣一职，然而信长竟以天皇退位作为条件：“若诚仁亲王得以继位，我将担任官职，悉心辅佐。”与此同时，他还妄图扛出足利义昭之子足利义寻出来担任第十六代幕府将军，以分割朝廷的影响力，此事在朝廷的强烈反对下，不果而终。朝廷想封信长为新的幕府将军，或请他担任关白一职，也均遭信长回绝。