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比起击败保王派军队，战后王国的组建是一项更艰巨的任务。要解决这个问题，就不能若无其事地将查理一世重新推上王位。为了确保日后永远不会出现执政失误或再次引发战争，必须制定有效的措施。此外，要实现这个目的，查理一世和议会之间就必须达成协议，而宪法的制定有赖于查理一世和议会的合作及两派势力的和解。同样地，如果不考虑在四年内战中出现的新思想和新势力，就不可能找到解决问题的持久方案。
自从内战开启，英格兰就发生了教会革命。当敌对双方阵营建立后，彻底派在议会中占据优势。在与查理一世的第一次谈判中，彻底派就提出要求彻底废除主教制度。1643年7月，议会在威斯敏斯特召集宗教大会，着手进行教会改革。随后，议会接受了《神圣盟约》。这预示议会将模仿苏格兰教会组建英格兰教会，并将苏格兰神职人员的代表纳入宗教大会。
英格兰教会逐步发生变革。1645年1月，议会两院通过了一系列决议，要求教会在长老会的基础上进行重组。随后议会又通过了一系列法令，将教会体系的各个组成部分一一确立。1646年年末，《祈祷书》已经被禁止使用，取而代之的是宗教大会起草的《公众礼拜指南》。与此同时，新的信仰条例、信仰申明和教义问答正在起草当中。1646年10月，主教及所有附带的教会等级制度都被废除，教会的土地则被授予信托人用来偿还国家债务。教会改革工作还没有结束，但在貌似一致的表面下，英格兰和苏格兰的长老教会有本质区别。在苏格兰，教会不依赖任何人，而在英格兰，教会从属于议会。不管威斯敏斯特的宗教大会做出什么决定，都需要经过议会授权才能生效。只要议会认为有必要，就可以修改宗教大会的结论，批评宗教大会的行事方式，并限制宗教大会的职能。传统长老教会的神圣权利来自教会组织自身，相比之下，英格兰教会就像一位苏格兰神学家抱怨的那样，“不过是一个蹩脚的伊拉斯特式长老会”。然而，英格兰教会的神职人员在权力上要求与英格兰主教一样大，而在教义上与苏格兰的牧师一样偏执。英格兰教会方方面面的表现印证了约翰·弥尔顿的格言：“新长老不过是夸大的旧牧师而已。”
在英格兰长老会发展壮大的过程中，一个对立的教会组织也在英格兰生根发芽，这就是独立派。独立派的理念并非来自苏格兰，而是来自荷兰的清教流亡者和新英格兰的清教殖民者。他们反对将国家教会建立在地方基础和权威等级上，提出真正的教会应该由信徒自愿组成，而每个教会都是自成一体、高度自治、至高无上的。他们中的大多数人接受约翰·加尔文的神学思想，纵然他们否定加尔文的教会组织形式。独立派声称，他们有权摆脱传统和权威的指导自行解读《圣经》。这个诉求遵循约翰·鲁滨孙给清教徒前辈的忠告中所提出的原则————时刻准备从上帝的书面语言中得知应该得知的任何真理。因此，独立派对新的启示充满了热切的信念，而这必然导致教派的繁多种类和对教义的多样解读。因此，长老派和圣公会派开始恐慌。他们担心这种教会体系注定要导致信徒对长老教会和国家理念的否定，最终造成对信仰基础的攻击。
长老派和独立派在国家组织形式上的分歧与在教会组织形式上的分歧是一致的。无论哪一派，都既是一个政党，也是一个宗教派别。长老派的宗旨是让查理一世和教会对议会负责，独立派也认同这一点。然而，一方主张主权在议会手里，并以历史先例为他们的主张辩护，而另一方则主张主权在人民手里，并援引人的自然权利为他们的主张辩护。理查德·巴克斯特要求被称为“独立派”的教会民主，而这引发了对国家民主的主张。独立派将他们的教会理论应用在政治上，发展成民主政府的基本原则。他们认为教会是由共同的圣约联系在一起的信徒自愿组成的团体，以此类推，国家就是由一群基于共同契约的自由个体组成的团体。如果一个宗教团体的成员有权选举自己的牧师，那么，公民社会的成员就有权选举自己的行政长官。在议会与查理一世的长期文件论战中曾经有观点称，国王只是长官，而他的权力来自人民的信托。虽然类似的观点不止一次出现，但缺乏对观点本身的明确表述。在实际应用中，这个观点蕴含的基本原则也大大缩水。因此，在英格兰的政治生活中，首次明确提出人民主权是在反对长期议会的时候。1646年，约翰·利尔伯恩因诽谤曼彻斯特伯爵爱德华·蒙塔古而被上议院监禁。在向下议院申诉时，约翰·利尔伯恩称下议院为“国家的最高权威”，否认上议院贵族的权威，理由是贵族不是由人民选举产生。虽然下议院驳回了约翰·利尔伯恩的申诉，但他继续向“广大人民”呼吁。约翰·利尔伯恩认为既然代表的权力来自“至高无上的主人”，权力的使用就必然由主人决定。
然而，约翰·利尔伯恩的主张在议会中没有得到认可，下议院也无意针对抽象权力的问题与上议院争辩。在下议院，独立派在政治和教会问题上都是少数派。即使是在1645年和1646年新选举出来的议员中，情况也没有变化。在一个纯粹的宗教问题上，独立派可以获得五六十票的支持，而其中来自民主派的可能不到一半。党派内的忠诚纽带并不牢固。独立派领袖虽然能力超群，但支持者不多。在诸如发动和开展战争、控制威斯敏斯特宗教大会的过分主张、禁止苏格兰脱离英格兰国王的统治等问题上，下议院的大多数议员采纳独立派的政策。然而，一旦战争结束，与苏格兰人的争端得到解决，长老派的领袖就会取得上风，并一直占据优势。
然而，从一开始，军队就是独立派的坚固堡垒，追随者与日俱增。1645年夏天，作为骑兵连的随军牧师，理查德·巴克斯特发现兵团里到处都是急躁的非教会派分子。每个教派和异端邪说都各有代表。“独立派和重浸派最普遍，而反律法主义和阿民念主义平均分布。”一天，理查德·巴克斯特不得不驳斥反对婴儿洗礼的人。另一天，他又不得不为教会秩序和教会管理辩护。但在官兵中最普遍、他最经常反驳的信念是：民事治安官在宗教方面没有约束权和强制权，每个人都有权依照自己的喜好选择信仰和祈祷方式。
在军队中，独立派的政治原则得到最充分、最自由的发展。理查德·巴克斯特发现官兵们“强烈反对查理一世及除人民政权外的一切政府”。理查德·巴克斯特写道：
据我观察，他们将查理一世当成暴君和敌人，确实打算完全控制甚至消灭查理一世。他们认为一旦与查理一世作战，他们可能会杀死或打败他。而如果他们真的打败了查理一世，他们再也不会像他在位时那样信任他。他们还认为用战争或议会的矛盾激怒查理一世极其愚蠢。如果是这样的话，他们就必须将查理一世当作真正的国王对待。而这相当于违逆圣意后又向他托付生命。
军队官兵们认为这些原则应该是解决任何问题的基础，也希望自己的意见能得到重视。理查德·巴克斯特继续写道：“他们清楚地告诉我，他们认为天意会让他们成功，将宗教和王国都托付给他们。”
身处和平时期的军队甚至比战争时期更希望由奥利弗·克伦威尔来领导。除了卓越的军事才能，奥利弗·克伦威尔还具备能赢得士兵爱戴的一切品质。奥利弗·克伦威尔不像托马斯·费尔法克斯爵士那样拘谨少言。他的行为和言辞中表现出一种胸怀宽广、精力充沛的天性。理查德·巴克斯特说：“他面色红润，天性活泼好动，欢快乐观，就像一个人喝了太多酒一样。”在其他地方，理查德·巴克斯特提到奥利弗·克伦威尔“在作战时与士兵相处随意”。奥利弗·克伦威尔的一位军官告诉我们“奥利弗·克伦威尔喜欢开无伤大雅的玩笑”。除了这种亲切，奥利弗·克伦威尔也有火爆的性情：有时会爆发出激烈的言辞，有时则突然迸发出强烈的激情，但这并不影响他的受欢迎程度。可能出于这个原因，人们普遍认为他非常民主，然而，事实是他并没有人们想象的那么民主。在与曼彻斯特伯爵爱德华·蒙塔古的争论中，奥利弗·克伦威尔对上议院的强硬言论让人印象深刻。一个讲究实干的人对漫不经心、软弱无能的领导的愤怒，被人们误以为是对一个机构根深蒂固的敌意。奥利弗·克伦威尔对约翰·利尔伯恩的保护也似乎证明他有极端观点。1640年，奥利弗·克伦威尔促成了约翰·利尔伯恩的释放。1643年，他为约翰·利尔伯恩争取了曼彻斯特伯爵爱德华·蒙塔古军队的一个职位。1645年，他代表约翰·利尔伯恩在下议院申诉。人们将奥利弗·克伦威尔的侠义之举看作是先进的民主思想。事实上，奥利弗·克伦威尔的这些作为是出于他对压迫和非正义的天然仇恨。约翰·利尔伯恩对他的赞扬助长了民众的这种错觉。约翰·利尔伯恩说，奥利弗·克伦威尔不只在战场上表现出色，在议会中作用更大。
“哦！为了顺应自抑法令，奥利弗·克伦威尔再次解甲归田……因为他的良心健在，没有受到一丝腐蚀。他憎恨唯利是图和特权思想，敢于说出内心想法。”1647年，约翰·利尔伯恩在给奥利弗·克伦威尔的信中写道：“我和其他同样信仰的人都认为您是英格兰最纯粹无私的伟人：没有污点，毫不藏私。”
比起政治方面，奥利弗·克伦威尔在宗教方面更能代表军队。正如罗伯特·拜利的精确描述，奥利弗·克伦威尔是“一个大独立派”。奥利弗·克伦威尔就是独立派本身，不代表任何特定派别的独立教派，而是整个独立派。奥利弗·克伦威尔自称不属于任何教派，“不加入任何党派”“也不宣称任何信仰”。奥利弗·克伦威尔有时会“用优美、流利的语言赞颂自由的恩典”，但拒绝就教义问题进行争论。奥利弗·克伦威尔的一些言论表明他对那些自称“探索者”的人非常感兴趣，因为他们信仰的不是任何可见的形式和特定的信条，而是不断追求真理和完美。在这一时期，奥利弗·克伦威尔在一封信中写道：“探索者将是继发现者之后最好的教派，因为一个虔诚、谦卑的探索者最终会成为一个发现者。”然而，尽管奥利弗·克伦威尔与每个教派都保持距离，但他似乎具有每个教派的抱负和热情。“重浸派教徒、反犹太教徒、探索者、分离主义者”，他同情所有人，欢迎所有人加入军队，“通过良心自由将所有人联系在一起，而这是能让他们团结一致的共同利益”。
在追求良心自由方面，奥利弗·克伦威尔一直身先士卒。战争一开始，奥利弗·克伦威尔和手下的军官就提议将兵团变成“一个集中的教会”。在担任伊利岛总督时，奥利弗·克伦威尔和副总督亨利·艾尔顿一起在岛上汇集许多独立派。人们抱怨说，就宗教的多样性而言，这里就是“一个纯粹的阿姆斯特丹”。当他成为曼彻斯特伯爵爱德华·蒙塔古军队的中将时，独立派的思想已经从他的兵团渗透到他指挥的其他连队了。一个反对者说：
如果你仔细观察他兵团里的骑兵，就会发现那里有一大群自称虔诚的人，其中有人声称看见了异象并得到启示。再看看乔治·弗利特伍德上校和托马斯·哈里森少校的兵团，那里还有一群传道官兵。实际上，我们的骑兵几乎都是由那个派系组成的。
奥利弗·克伦威尔保护独立派免受曼彻斯特伯爵爱德华·蒙塔古的长老派随军牧师和官员的敌视。1644年3月，劳伦斯·克劳福德少将以重浸派的名义开除了奥利弗·克伦威尔名下兵团的一名中校。奥利弗·克伦威尔立即提出抗议：如果这名中校有任何违反军令的行为，应该交由军事法庭审判。如果没有，劳伦斯·克劳福德少将就必须恢复这名中校的指挥权。“就算他是重浸派教徒，难道因此就不能为公众服务了吗？先生，国家在选择效忠人员时并不在乎他们信仰什么，只要他们愿意竭诚服务就够了。”1644年9月，奥利弗·克伦威尔与劳伦斯·克劳福德少将针对同一问题再次争吵。随后，1644年9月13日，奥利弗·克伦威尔从议会处获得了著名的“调节令”，即任命一个委员会“以考虑宗教大会在教会管理方面的意见分歧并尽可能达成一致。如果不能，努力找到某种容许良心自由的方式。对那些不能依既定的公共规则行事的人，只要不违背上帝圣谕，就让他们与公众和平共处，保持信仰”。
每当新模范军取得胜利后，奥利弗·克伦威尔都提醒议会，必须在法律上确保“调节令”承诺的宗教宽容。他从纳斯比战场上写信回来说：“在这次行动中，这些诚实的士兵忠实地为你们服务，极其可靠。我恳求你们看在上帝的分上不要让他们灰心丧气。他们为国家自由抛头颅洒热血，而我希望他们能为了良心的自由而相信上帝，为了他们为之奋斗的自由而相信你们。”然而，下议院无法体会这种感情，在公开的副本中删去了奥利弗·克伦威尔请求宗教宽容的部分。于是，在布里斯托尔战役结束后，奥利弗·克伦威尔用更简单明了的语言重复了一遍：
长老派和独立派有同样的精神信仰和祈祷文……在这方面他们意见一致，毫无分别。遗憾的是，在其他方面他们却被区别对待。所有心怀信仰的人都是真正团结一致的。这是最光荣的团结，因为这出自内心，发自灵魂……为了形式上的一致，通常意义上的统一宗教，每个基督教教徒都为了不生是非而委曲求全。而我们寄望于同胞的不是思想上的被迫顺从，而是对光和理性的追求。
然而，议会一如既往地置若罔闻，删减信函，无视他的请求。现在不需要独立派在战场效力，却需要满足他们的政治和宗教要求，而除了光和理性，没有什么能强迫他们违背良心。这会带来什么结果？在宗教上，如果议会任由长老派牧师自由行事，等待独立派的只有迫害。一位长老会的神学家写道：“让人们凭良心侍奉上帝，无异于赶一个魔鬼出去，放七个恶鬼进来。”另一位牧师写道，宽容是“魔鬼的杰作”。“如果让魔鬼做一个选择：选择在王国里建立等级制度、宗教礼仪及礼拜仪式，或者选择宗教宽容政策，魔鬼可能会选择宗教宽容政策。”伦敦的宗教大会宣称：“我们对这种过分的宽容极其厌恶。”伦敦支持这个决定，提交了一份请愿书，要求取缔一切异端邪说。在议会内部，反宽容主义者明显占了上风。1646年4月，下议院原本已经承诺，只要不是根本性的宗教分歧，应该充分尊重各人的良心。然而，1646年9月，下议院通过了一项提案的二读。该提案将对否认三位一体和基督转世教义的人处以死刑，对反对婴儿洗礼和其他非至关重要的教义的人处以终身监禁。1646年12月，一项禁止普通信徒在教堂或其他地方布道的法案出台。奥利弗·克伦威尔认为普通信徒至少能讲解《圣经》，但只征集到五十七名议员的支持。而议会的宪法草案中也没有任何迹象表明会宽容独立派。
从查理一世那里也看不到希望。自1646年5月以来，查理一世一直被囚禁在苏格兰军营中，先是在纽瓦克，后来转到纽卡斯尔。查理一世在纽卡斯尔收到各项提议。这些提议的中心要求是国王应该在三个王国全面推行《神圣盟约》，并接受由议会设立的长老会。与此同时，在接下来的二十年里，国王应该将海军和陆军的控制权交给议会。二十年后，上下两院再决定未来的解决方案。在教会的支持下，再加上手中的军权和财政权，议会的各项权力将稳步确立。
查理一世尽量避免做出直接答复。他认为一个真正的教会需要延续主教制度和使徒继承制度。而一旦查理一世同意废除主教制度，“教会也就不存在了”。对查理一世来说，违背良心的屈服将是“莫大的罪过”。政治动机加剧了查理一世良心的不安，而接受和实行《神圣盟约》将是“对叛乱的永久授权”。至于通过立法建立长老会，查理一世说：
借着英格兰进行彻底改革的借口，议会打算从国王手中夺走所有的教会管理权，交到议会两院安排的人手里。更有甚者，议会会引入反动教义，教导民众说叛乱合法，还说国家最高权力来自人民。议会还说国王应该对人民负责，有错应该及时纠正……最睿智的所罗门曾经说过：“没有主教就没有君王。”
经过几个月的谈判，查理一世最终做出让步，同意成立长老会，并让其存在三年，而议会可以控制陆军和海军十年。查理一世规定十年后陆军和海军的控制权应该回归王室，同时坚持三年后一定要重新建立主教制度。
八个月的谈判毫无结果，查理一世对长老会的顽固拒绝激怒了苏格兰人。他们决定抛弃查理一世，将他交给他的英格兰臣民。1647年1月30日，苏格兰人化解了与英格兰议会针对军费余款拖欠的分歧并收到二十万英镑的欠款。他们撤离纽卡斯尔，将查理一世交给英格兰议会专员。1647年2月，查理一世被带到北安普敦郡的霍尔姆比城堡，由专员和骑兵卫队看管。
然而，查理一世跌至谷底的那一刻却标志着他的政策的成功。查理一世拒绝接受《纽卡斯尔提议》，主要是因为他坚信自己不可或缺。查理一世在一封信中写道：“人们开始意识到，如果我不在位就不会有和平。”此外，查理一世的敌人也必须意识到这一点：“我在此预言，他们如果不接受我的条件，必将毁灭。”查理一世预感到，总有一天反对者中的某些派别会为了一己之私接受他的条件，与他达成和解。现在他的预想就要成真了。在查理一世抵达霍尔姆比城堡前，一些长老派贵族已经同意将接受查理一世的让步作为协议的基础。一旦协议达成，查理一世将重新行使权力。这是保王派和长老派联盟的开始，同时也导致了第二次内战和查理二世最终的复辟。1647年5月2日，关于查理一世让步具体内容的新消息传到威斯敏斯特。毫无疑问，两院的大多数人都会满意地接受这些让步。
在这种基础上达成的协议是停战协议而不是和平协议。这个协议不但没有解决引发这次战争的问题，反而扔掉了所有胜利果实。
议会和查理一世曾经为争夺主权而战，而现在查理一世以暂时让步为代价重新掌握主权。只要查理一世保持对议案的否决权，就可以阻止他的暂时让步演变为永久性的屈服。查理一世也确实打算这么做。独立派感到这样一边倒的妥协十分危险，但他们在议会两院都是势单力薄的少数派。一旦军队解散，独立派将完全失去影响力。军队解散原本应该在1646年10月进行，但由于议会与苏格兰关系紧张，直到1647年2月解散计划才获得通过。议会提议从英格兰现有的四万名武装人员中组建出一支新的军队，保留六千四百名骑兵和一万名左右的步兵，组成卫戍部队。借此机会，议会将清除新模范军的所有独立派军官。托马斯·费尔法克斯爵士将继续担任上将，但其他将军级军官都将被解职。任何议会议员都不得在新组建的军队中任职，也不得任命任何不符合长老会教规的军官。至于新模范军的士兵，其中的四千骑兵将留在英格兰服役，而其余的骑兵和步兵将被派去重新征服爱尔兰。
在爱尔兰，自1643年停战以来，查理一世的总督奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒一直在都柏林维持局面，希望将停战推进成和平，并向英格兰查理一世提供援助。但天主教教士坚持要在爱尔兰建立天主教，谈判失败。1646年，都柏林再次被包围。由于部队人马不足，又无力支付军饷，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒陷入两难————要么屈从于爱尔兰叛军，要么屈从于英格兰叛军。为了让爱尔兰继续从属于英格兰，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒向英格兰叛军屈服。1647年2月，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒向议会提出辞职。这一提议与长老派的计划不谋而合。1647年3月6日，议会投票决定立即派遣来自新模范军的一万两千六百名士兵前往爱尔兰，并派专员到新模范军总部动员更多士兵去爱尔兰服役。
奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒
如果这些士兵受到公正对待，那么无论是说服他们自愿去爱尔兰还是和平解散应该都没有什么困难。但长老派领导人的愚蠢行为引发了一场军事叛乱，改变了英格兰的政治局面。在部队解散或他们重新入伍前，士兵们希望拿到过去服役的酬劳。步兵的军饷被拖欠了十八周，而骑兵的军饷则被拖欠了四十三周。士兵们请求托马斯·费尔法克斯爵士代表他们向议会请愿，特别要求免除他们在战争后期的行为可能招致的法律诉讼，并保证付清欠薪。下议院下令镇压请愿者，并宣称持续请愿的人是国家的敌人和公共和平的破坏者。至于拖欠士兵的酬劳，议会只同意支付六周的数额。而即使是这六周军饷，也直到1647年4月月底才迟迟给出答复。最终，在新模范军的两万两千名士兵中，只有两千三百人自愿去爱尔兰。军队的不满情绪发展成可怕的骚动。1647年4月，骑兵团选举协调联合行动的代表，这些代表被称作鼓动者或代理人。1647年5月，步兵也成立了代表团。1647年4月月底，八个团的鼓动者联名上书菲利普·斯基彭和奥利弗·克伦威尔，请求他们代表军队向议会澄清军队遭受的冤屈并寻求补救措施。奥利弗·克伦威尔和菲利普·斯基彭将军队的信函提交给下议院，下议院命令亨利·艾尔顿和乔治·弗利特伍德陪同两位将军下到军队，平息士兵们的骚动。下议院向士兵们保证，在解散部队时会支付相当大的一部分拖欠款项，而后续欠款也会保证支付。在这之前，议会提议支付的六周欠款增加到八周。
乔治·弗利特伍德
截至目前，奥利弗·克伦威尔没有参与议会与士兵的谈判，更没有参与士兵反对解散的运动。1647年2月，在议会第一次投票通过解散军队时，奥利弗·克伦威尔身患重病，一段时间内都没有在下议院和两国委员会露面。所有人都知道他对长老派领袖们奉行的政策相当不满，因此有些人将他的缺席归结于这一原因。1646年8月，在评论当时的议会现状时，奥利弗·克伦威尔说：“议会派系林立，情况越发糟糕。”伦敦保王派情绪滋长，市民对军队和独立派人士的敌意也与日俱增，因此他感到极其焦虑。1646年12月21日，奥利弗·克伦威尔在给托马斯·费尔法克斯爵士的信中写道：
我们收到一封来自伦敦的长长的请愿书。在这封请愿书中，请愿者大肆攻击军队，暗藏险恶用心。现在流行的风气透过请愿书可见一斑，而我们能对人们抱何种期待也毋庸赘言。能让我们聊以自慰的是，上帝在上，上帝凭自己的喜好行事。无论请愿者有何阴谋，有何怨恨，唯有上帝能决定一切。
1647年3月，伦敦的整体局势对军队越发不利。奥利弗·克伦威尔在给托马斯·费尔法克斯爵士的信中写道：
此类情况比比皆是。人们对军队怀有如此大的敌意，已经到了糊涂的程度……人们的精神从未像现在这样痛苦……祈祷日那天，为了预防我们的士兵割掉长老派的喉咙，伦敦在科文特花园布置了近两百名士兵，有骑兵也有步兵。这不过是嘲弄上帝的把戏。
人们对他的猜疑让奥利弗·克伦威尔十分愤慨，而那些不明真相的人对待他的方式更是让他恼火。他对埃德蒙·勒德洛说：
为这样一届议会服务是件可悲的事，我劝各位永远都不要对议会如此忠诚。如果一个人被议会中的见风使舵者诽谤中伤，他将永远也抹不掉这些伤害。如果他是为一个将军服务，就可以尽管放心效力，不会遭受任何苛责和嫉妒。
奥利弗·克伦威尔甚至想带着愿意跟随他的部下离开英格兰，为普法尔茨选帝侯查理·路易麾下的德意志加尔文主义者效力。1647年3月或4月，奥利弗·克伦威尔与普法尔茨选帝侯查理·路易针对这个问题进行了长时间的交谈。
尽管奥利弗·克伦威尔极其不满，但他的言行没有任何迹象表明他打算抵制议会的政策或挑起军事革命。一些最热心的崇拜者对他一再阻止士兵们请愿的行为痛心疾首。1647年3月25日，约翰·利尔伯恩写信给奥利弗·克伦威尔说：
今天军队的一名军官告诉我，您和您的代理人将要浇灭我们的希望，阻止士兵们向下议院提交请愿书。您还希望士兵们在放下武器前不要继续请愿，因为您已经与下议院约定，只要议会下令，士兵们就应该放下武器。
约翰·利尔伯恩继续说道，在过去的几个月里，奥利弗·克伦威尔的行为让他极其惊讶和难过。是不是那些见风使舵的政客————如亨利·韦恩爵士和奥利弗·圣约翰这样的“贪婪的蚯蚓”————迫使他妥协了？又或是议会已用财产收买了他，导致他无所作为？愿他痛下决心，“继续像个男人一样为上帝服务吧”！愿他能置自身安危于不顾，救部属于毁灭之险境，让国家免遭侵略和奴役。
奥利弗·克伦威尔对这些呼吁充耳不闻。他不想鼓励士兵干预政治，更担心议会和军队的决裂可能会导致无政府状态。1647年5月，他和三名同事一起抵达萨弗隆瓦尔登的陆军总部，仔细审查请愿者蒙受的冤屈，传达议会的投票决议，并尽力说服官兵服从议会。他对军官们说道：
真的！先生们！慎重考虑、充分利用投票决议和兵团提供给大家的利益，充分尊重他们和我们大家共同遵循的权威，这对大家再好不过。如果权威归于乌有，接下来将是一片混乱。
调查专员报告说，他们发现整个军队都“感到非常痛苦”，而普通士兵“躁动不安”。1647年5月21日，下议院向奥利弗·克伦威尔表示感谢。奥利弗·克伦威尔告诉下议院，虽然士兵们坚决不肯去爱尔兰，但他认为依然可以和平解散士兵。在他的影响下，下议院似乎突然倾向于采取和解政策，并通过了几条法令解决士兵们的一些小冤屈，但仍然没有采取任何措施来确保兑现支付欠饷的承诺。1647年5月27日，下议院投票表决通过了一项立即解散军队的计划。这项计划将在1647年6月1日从托马斯·费尔法克斯爵士的兵团开始执行。为了防止可能发生的协同抵制行动，各兵团将在相隔很远的几处地方分别解散。
长老派领袖已经下定决心要用武力保证解散计划的贯彻执行。他们秘密与法兰西大使和苏格兰议会的委员们商讨，打算将苏格兰军队引入英格兰。威尔士亲王查理将被派往苏格兰领导入侵行动，并尽快将查理一世从霍尔姆比城堡带到伦敦，而伦敦的民兵完全处于长老派的控制之下。与此同时，为了应对军队的抵抗，还从牛津调来一队炮兵驻守伦敦塔。这样，在苏格兰军队和伦敦的支持下，议会将强迫士兵服从解散条款并惩罚那些参与反抗的军官。这意味着一场新的内战即将打响。
与此同时，一场大规模的兵变开始了。在士兵的不满情绪尚未平息时，议会就通过了解散军队的投票表决。相形之下，议会微弱而迟钝的让步毫无意义。在军队中，长老派领袖不可告人的阴谋早在谋划之初就传得人尽皆知。在鼓动者的命令下，军队拒绝解散。这不再是简单的薪金拖欠问题。一个鼓动者写道：“行动起来！情况危急！英格兰王国的利益和存亡都掌握在你们手中。”大多数军官持同样想法，坚决站在士兵一边。托马斯·费尔法克斯爵士的战争委员会也是这样想的。在士兵们的请求下，战争委员会下令全军于1647年6月3日集合。托马斯·费尔法克斯爵士后来解释说：“为了不让军队陷入混乱或更糟的境地，我不得不放弃一些东西。”在没有得到托马斯·费尔法克斯爵士命令的情况下，一群骑兵控制了牛津的炮兵队。1647年6月3日，在霍尔姆比城堡，士兵们抓获了查理一世。同一天，奥利弗·克伦威尔离开伦敦，决定与军队共存亡。