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在下间赖且等人的谋划下，一揆众先是边战边退，诱使织田军渡过河川，进入各个轮中，随即就趁着黑夜掘开堤坝，放水冲击。织田军激战了一天，正在扎营休息，突然四处巨响连天，滚滚浊流汹涌而来，无不惊惶失措，夺路而逃。此时一揆众早已三三两两地潜近了织田军的阵营，利用地形之便，躲藏在山上、林间，不断向敌军发射铁砲和弓箭。这样一来，织田军阵列更为混乱，成片的尸体倒了下去……
金崎退兵以后，原本从属于信长的各畿内豪族纷纷动摇，很多地方爆发了一揆，相当长一段时间内，信长在南部近江只能控制部分零散的城砦，一揆势力反而逐渐连成一片。然而经过姊川合战，浅井、朝仓联军南下的势头减缓，失去外援的这些一揆势力遂被信长逐一击破。元纲看到这种情形，深知是该自己摆正立场，明确表态的时候了，于是彻底放弃了足利义昭，转而联络信长。
且说永禄六年（1563年），在三河国就爆发过大规模的一向一揆，战斗坚持整整六个月，沉重打击了德川氏的封建统治，这被认为是德川家康生涯中最大的一次危机。在那次事件中，就有很多信奉净土真宗的德川氏家臣不惜背叛主公，也要投靠到一揆阵营中去。七年后，如上所述更可怕的一揆又在织田信长的领土上爆发了。
等到天亮的时候，各军损失报告汇总到信长面前，他终于清醒地认识到，这仗已经不能再打下去了，如果仍旧执着于挺进愿证寺，只会在长岛这个泥潭中越陷越深，最终恐怕会全军覆没。于是信长无奈地下达了撤退的命令。他的这一着也早就被敌人料到了，一揆众已经埋伏在了织田军的退却途中，铁砲声依旧四下响起，箭矢则如雨点般落在士气低落的织田军头上。
他当时料想不到，自己竟能得到信长的赏识，此后得以长时间跟随在他身边，见证一段历史的变迁。他更料想不到，这个前此从未接触过天主教的日本大名，竟然会对这种远来的宗教抱有极大的好奇心，并且丝毫也没有排外的情绪存在。
听说佐和山城不战而降，浅井长政大为恼怒，也异常惊慌，他立刻点集兵马，于五月六日率军离开小谷城，再度进入姊川流域，准备攻打木下秀吉守备的横山城。木下秀吉先发制人，率领百余骑潜出横山城，随即会合了堀秀村、樋口直房等降将的部队，总数约五、六百，在箕浦地方对战将近十倍于己的浅井军。因为秀吉的奋战，浅井长政被迫退回小谷城，而织田信长也得以暂时没有后顾之忧地开始了他的第一次长岛征伐战。
无论对长岛居民来说，还是对织田军兵将来说，这都是漫长的噩梦的开端……
五月十二日，信长亲统大军，浩浩荡荡杀往伊势长岛。他分兵三路：佐久间信盛、浅井新八、山田三左卫门、长谷川丹波守、和田信介、中岛丰后守等出中筋口，柴田胜家、市桥长利、氏家卜全、伊贺平左卫门、稻叶一铁、塚本小大膳、不破光治、丸毛长照、饭沼勘平等出大田口，三路南下指向愿证寺。信长自己则坐镇津岛（今爱知县津岛市），亲自指挥。
激战中，织田军的先锋、铁砲大将佐佐成政身负重伤，野村越中守战死。毛利秀赖和兼松又四郎虽然杀死了敌军下间丹后守麾下骁将长末新七郎，却因一片混乱而无法割下首级。“石山合战”的这一场序曲虽然激烈，可谓势均力敌，谁都没能占到便宜。
以上所述这些家族中接近半数都出自藤原氏，其中“五摄家”全都源自藤原氏的分家“北家”。山科言继乃是藤原氏的庶流，就家格而论属于“羽林家”。
“一名士兵掀起一妇人的头盖，想要一窥该妇人之容貌，此情形恰被信长所见，信长当场即将该士兵处死。”
此次一揆与以往不同，因为石山本愿寺虽号为一向宗的总本山，历任法主却靠拢封建大名，一般情况下并不支持信徒的暴动，然而“石山合战”开始以后，显如上人公开号召全日本的信徒起来抗击信长“暴政”，为保卫寺庙而战。长岛就在织田氏的根据地尾张侧腹，长岛一揆比远在畿内的本愿寺总本山更使织田信长惊慌恐惧。于是他立刻囤积粮草，整备兵马，准备发动大规模的讨伐战。
正因如此，言继在自己的日记里说了信长很多好话，同时在朝廷中，他也为了信长的利益，为了弥合朝廷和信长间日益明显的嫌隙而不断努力着。
三路大军损失严重，尤其以走大田口一路的殿后部队最为凄惨，猛将柴田胜家负伤，“西美浓三人众”之一的氏家卜全竟然被一揆众杀死。就这样，第一次长岛征伐战以信长彻底败北而告终。
因此佐久间信盛等人劝阻信长火烧比叡山延历寺，在碰了一鼻子灰以后，也就不敢再多说什么。信长于是下令封锁一切下山通路，然后纵起大火，开始了残酷的围歼战。根本中堂以下山王二十一社全被焚毁，包括僧侣、信徒在内约三四千人，不分男女老幼，全都惨遭屠杀。
当时的日本贵族，家系等级高低划分得很清楚，家格不够高，是无法就任高级官职的。主要的区分如下：近卫、鹰司等“五摄家”，其子弟最高可做到摄政·关白【代天皇执掌政务的重要官职，天皇年幼时称“摄政”，亲政后称“关白”，也即诸事都必须关白（原意为告知）此官的意思。】；三条、菊亭等“九清华家”，其子弟最高可做到正、从一位的太政大臣；正亲町、三条西等“三大臣家”，其子弟最高可做到正三位大纳言；河鳍、滋野井等诸多“羽林家”，其子弟最高可做到从四位近卫中将；劝修寺、万里小路等诸多“名家”，其子弟最高可做到从五位侍从。
「传教士眼中的信长」
织田彦七郎信兴，乃是织田信秀的第七个儿子，他所受封的小木江城在尾张国西部，靠近伊势边境，登高即可望见长岛。元龟元年（1570年）九月，因为织田军与石山本愿寺开战，显如上人就号召全日本的一向宗徒联合起来，讨伐“佛敌”信长，如有敢不遵从的，一律破门开革。收到法旨的愿证寺毫不怠慢，立刻行动起来。于是当年十一月，长岛一向一揆蜂起，东进围攻小木江城。此时信长还在比叡山与浅井、朝仓联军对峙，无力派发援军，城池遂被攻陷，织田信兴登上本丸天守阁，可怜兮兮地切腹而死了。
浅井氏因为这纸协议，被迫龟缩于琵琶湖东北一隅，如此大面积地收缩领土，分明再无南下与织田氏争雄之意，则自己孤悬在外的佐和山城，迟早都会变成信长嘴边之肉的。基于矶野员昌的这种悲观心理，再加上织田方木下秀吉等人的反复劝说和利诱，他终于打开了城门，归附信长。信长随即派丹羽长秀担任佐和山城代（代理城主）。
信长知道自己迟早都要和那些可恶的一向宗和尚交战，但他习惯于先礼后兵，尽量用外交手段解决问题，于是致信显如上人，要他交纳贡钱，作为织田军的军费。其实信长并不在乎这一点点军费，他的目的是要威胁本愿寺，使其放弃对三好、六角残党，以及朝仓、浅井等大名的支持。他要显如上人立刻表态：“支持我，还是与我为敌？”然而显如上人却毫无转寰余地地一口拒绝了。
说实话，信长在此时和本愿寺开仗，时机选择得并不好，因为朝仓、浅井联军就在背后，此时再在摄津方面大动干戈，这种两线作战会使织田军捉襟见肘，应接不暇的。一时的急切和愤怒，使信长走了一步错棋，当然，他料想不到这场战争竟会如此旷日持久……
比叡山是所谓的佛教“圣山”，山中寺院林立，尤以延历寺最为著名，乃是日本佛教天台宗的总本山，由传教大师最澄于九世纪初创建，历史非常悠久。它的军事力量虽然不可和本愿寺同日而语，宗教神圣地位却只有更高——终究已经有六百多年的历史了，和新兴的净土真宗不可相提并论。知晓浅井、朝仓联军在比叡山布阵的织田信长，立刻开出条件，只要延历寺肯加入本方，驱逐浅井、朝仓军，他就交还前此被近江大名侵夺的山门领（寺庙地产），同时威胁说，若不服从，“包括根本中堂在内的三王二十一社等所有庙宇，我都会一把火将其烧为灰烬”。
当然，那个时代更多人是信长这一军事行动的反对者，他们认定烧讨延历寺就是信长暴虐统治的开端。此后信长就被称为“第六天魔王”【佛教神话中欲界第六天的统治者，据说他专一与佛陀作对，千方百计地阻挠人们脱离欲界，得到超脱。】，加上他前此为了获得来自南蛮的武器、物资，与天主教传教士频繁接触，遂被目为接受天主教义，想要绝灭日本传统的宗教——佛教。
打败森可成的浅井、朝仓联军，很快就攻陷了宇佐山城，然后长驱直入，纵火焚烧大津的马场、松本等地，二十一日杀至京都附近的醍醐、山科地方。二十四日，织田军再度从京都出发，迎战浅井、朝仓联军。联军即在比叡山内的蜂峰、青山、局笠山等地布防，严阵以待。
信长是很情绪化的，高兴的时候，正如弗洛伊士所说，“往往和卑贱者交谈甚欢”，稍不如意，对待下人甚至家臣都会大发雷霆，甚至拳脚相加。因此家臣们对信长莫不感到畏惧，尤其是重臣们，被主公骂上两句也就算了，万一被拿折扇敲头、刀柄打肩、马鞭抽脸，甚至被飞起一脚踹翻在地，在同僚面前可还怎么抬得起头来呀？！
拉回来再说弗洛伊士对信长的描述，他在后来在写给耶稣会的信件中这样描写信长的外貌：“他是尾张国三分之二殿下（指织田信秀）的第二个儿子，统治日本的时候三十七岁（指姊川合战当年）。此人个高而瘦，毛发稀少（相对于欧洲人来说，亚洲人当然毛发稀少啦），语速很快。”
先说元龟二年（1571年）二月，江北重镇佐和山城终于臣服在织田信长脚下。去年十二月初在义昭将军和朝廷斡旋下签署的织田氏与浅井、朝仓两家的停战协议，将佐和山城周边大片土地都划归信长所有，这使得城主矶野员昌悲哀地想到：难不成自己已经被主家抛弃了吗？
森氏是织田家重臣，森可成勇猛善战，曾因抵御侵入东美浓高野口的武田军而被信长誉为“天下一流的勇士”。森可成的战死，对织田军是一个重大打击，信长被迫放弃对野田、福岛两城的包围，并且脱离与本愿寺兵马的接触，以柴田胜家、和田惟政等将殿后，匆忙退回京都。
正当信长危急万分的时候，“大恶人”松永久秀突然冒了出来，请令说：“我与信浓守素来交厚，请让我去说服他打开城门。”无路可走的信长只得应从了久秀所请。说也奇怪，一向脑有反骨的久秀此次却并没有玩什么花样，真的跑到朽木谷城中去说服了元纲，大开城门，放织田军通过。信长这才捡回一条性命，可以说他的大恩人就是元纲和久秀二人。
此时的浅井、朝仓联军，并不具备与信长再进行一次主力决战的实力，他们四下骚扰，在京都附近的修学寺、一乘寺、松崎寺等地放火。信长提出择地决战的要求，遭到拒绝。双方对峙到十一月二十五日，织田军数千兵马潜行夺取了坚田口，截断联军撤回越前的后路。二十六日晨，朝仓方大将朝仓景镜、前波景当等为夺回通路，反身杀回坚田口。
到了当年八月，近江突然传来新的消息：“朽木信浓守殿下愿为我方内应，夹攻志村城。”信长闻报大喜，立刻从岐阜出阵，杀奔江南而去。
野田城往东南方不远就是石山本愿寺。本愿寺虽然尚未与织田军正式交兵，却暗中在政治和经济两方面支援野田城，使信长大为恼火。且说一向宗的僧徒是不禁婚娶的，本愿寺的显如上人就曾于弘治三年（1557年）和江南的六角氏结为姻亲，又在永禄九年（1566年）和朝仓氏达成和议。在这种情况下，显如上人想要与信长作对，也是很正常的事情吧。
虽然气势汹汹而来，结局却是悲剧性的。此时长岛一向一揆的实力与进攻小木江城之时又有所不同，因为本愿寺料到信长不会放过近在咫尺的长岛愿证寺，迟早会爆发一场惨烈的攻防恶战，于是就在年初派了能征惯战的坊官（僧职）下间赖且、赖成二人率领更多的一向徒众秘密进入长岛地区。此时长岛一向一揆兵员、武器都很充足，又有了统一的指挥，信长不明敌情，轻率杀来，其结局也就可以料想得到了。
然而长岛地区河流纵横，到处都是小岛，光靠陆军是很难展开全面进攻的。想要消灭长岛的一向一揆势力，就必须调集大量战船，并且组织一支机动灵活的水面部队。基于这一原因，信长虽然很为兄弟信兴的死亡感到悲痛，并且愤怒万分，他却不敢感情用事，准备了整整半年，才在次年也即元龟二年（1571年）的五月兵发长岛。
长岛地区在伊势国最东北部，邻近尾张，乃是木曾三川（木曾川、长良川、揖斐川）交汇处河口的河洲，这三条河流就在此处汇合，一并流入伊势湾。约在十五世纪中期，本愿寺法主莲如上人之子莲淳大师来到此处传教，并且建立了一座一向宗的寺院，定名为“愿证寺”。
织田信长于永禄十一年（1568年）九月进入京都，次年（1569年）十月平定伊势，此后隔了仅仅半年，1570年的四月，浅井长政突然撕毁盟约，从背后袭击北伐越前的织田军，六月爆发了姊川之战。
在接触到天主教以前，信长本人并没有明确的信仰，不过当时的日本人大多兼有佛教和神道信仰，信长也不例外。在桶狭间合战前后，他都前往热田神社及其分社祈祷，他为死谏的宿老平手政秀修建政秀寺，请著名的禅僧开山泽彥来当住持，并且向泽彥请教，为新的主城定下“崎阜”之名。说信长是个彻底的无神论者，恐怕是不准确的，但他并没有明确和坚定的信仰，这却应该是事实。
“那是吹牛，是大话。”延历寺的僧徒们完全轻视信长的行动力。他们认为，比叡山乃是镇护国家的圣山，只要日本国一日不亡，圣山就一日不会塌陷，延历寺是佛教的名刹，诸天神佛都降福保护，信长如敢胡来，就不怕遭到天谴吗？
长岛惨败以后，织田信长退回岐阜城，检点败兵，发现虽然没能见到一向一揆主力的影子，本方的损失竟然比姊川合战还要大。他虽然心有不甘，可也无力在短时间内组织起第二次长岛征伐了，只得暂时停止了大规模的军事行动，重新整备部队，恢复士气。
在将军足利义昭看来，信长是必须要打倒的势力，因为他野心太大，完全不把幕府将军放在眼里，不肯相助他恢复室町幕府往日的荣光。然而室町幕府往日的荣光又何在呢？足利义满时代一去不可复见了，即便恢复到足利义政时代，也即“应仁·文明”之乱以前的局势，所谓幕府将军，也只不过受各地诸侯名义上拥戴的共主而已。诸侯们大多聚集京都，对幕政指手划脚，党同伐异，而将军的作用只是维持和平局面和势力平衡罢了。反正，只要将军本人的荣华富贵不受威胁，谁做管领，谁做重臣，都是无妨的。
信长随即就离开京都前往西面的摄津国追击残敌，归来后不久，十月十四日和十七日又两次与言继见面。第二年是永禄十二年（1569年），从二月七日开始到四月二十一日，短短两个多月的时间里，两人会面多达二十七次。信长通过言继与中纳言叶室赖房、左少辩日野辉资、参议持明院基孝等多位公卿相见，在朝廷中打通了人脉，给天皇、贵族们留下了很好的印象。
「长岛一揆」
且说当织田军在比叡山附近与浅井、朝仓联军对峙之时，三好残党趁机修缮野田、福岛等城，本愿寺也大力煽动近江各地的门徒爆发一揆，畿内地区硝烟迭起。织田方大将丹羽长秀和木下秀吉到处镇压，疲于奔命。但最可怕的事情还在后面，信长完成和谈，年底才回到岐阜，就得到了其弟织田信兴遭长岛一向一揆围攻，战败自杀的消息……
足利义昭心目中幕府的“太平盛世”，大概也就这样了吧，这个人虽非废物，却实在没有什么政治远见。
信长于永禄十一年（1568年）九月上洛，山科言继和他的初次见面是在十月六日，地点为京都的宝镜寺中。当时足利义昭刚从岐阜立政寺迁居过来，于是言继安排义昭和信长觐见天皇，指导他们应该穿着的服饰以及在觐见过程中所必须遵守的礼仪。
弗洛伊士的这些信件，后来被集成《日本史》一书。此外，在信长死后才来到日本的西班牙商人阿比拉·西隆创作了一本《日本王国记》，在其中则这样描写信长：“他的体格很好，在日本王侯中属于较高身材，四肢匀称。他有一双炯炯有神的大眼睛，高鼻梁，小麦色的肌肤，须发稀疏，神经极其坚韧。”
传教士正在琢磨该怎样向信长灌输地球是球体的知识，信长却打断他的话，点头说道：“原来如此，很有道理。”随即指着地球仪问：“哪里是日本？你的国家又在哪里？”他这种完全超越于传统认知之上的敏锐的洞察力，使欧冈蒂诺大感惊异，就此认定信长不是普通的日本王侯，他是个天才。
延历寺断然拒绝了信长的要求——这就埋下了次年火烧比叡山的伏笔。
「公家眼中信长」
一向一揆最初主要由净土真宗的僧侣和农民组成，这些虔信者轻视封建等级制度，拒绝缴纳年贡，拒服徭役，组织起来在部分地区创建自己梦想中的宗教王国（北陆的加贺国即连续九十年为一向一揆彻底占据，被称为“百姓所有之国”）。在镇压失败以后，附近的许多封建领主都改变策略，尝试利用一向一揆的势力，从而纷纷加入本愿寺教团——一向一揆和国人一揆，在许多情况下都是混而为一，纠缠不清的，此次进攻小木江城的一向一揆，其中既有愿证寺的僧侣、长岛的百姓，也有附近的国人众。
他们遗漏了信长对幸若舞《敦盛》和南蛮物的爱好。《敦盛》咱们前面已经提过了，而说到对南蛮物的喜好，对于喜欢新奇事物的信长来说，也是很理所当然的事情吧。据说天正八年（1580年），信长曾在传教士欧冈蒂诺处见到了一个绘满花纹的圆球，“这是什么？”信长好奇地问道。欧冈蒂诺回答说：“这是地球仪。事实上，我们所居住的大地不是平板一块，而是一个球体……”
这一协议对浅井氏的损害是相当巨大的，但急于夺路回国的朝仓军基于本身利益，却迫使浅井长政退让妥协——浅井长政这一次，才真的是被朝仓家给出卖了。
信长这种天才是不受传统制约的，因此对于日本传统的、影响到几乎全民政治经济生活的佛教势力，他一度持打压态度。且说在姊川合战以后，信长回归岐阜不过才一个月，八月二十日再度发兵西进。他此次进攻的目标为野田、福岛（都在今大坂市内）等城砦，那都是“三好三人众”与斋藤龙兴在得到本愿寺、浅井、朝仓等势力的暗中支持下，攻入摄津国而修筑的堡垒。
正因如此，信长相比佛教或神道信仰坚定的日本人来说，更容易包容甚至接纳天主教等外来宗教，况且他骨子里就喜欢新奇事物，对于那些卷毛高鼻的南蛮人【因为最早来到日本的西欧人为葡萄牙人和西班牙人，其后是英国人和荷兰人，他们都是经东南亚北渡到日本的，因此日本人误以为他们的国家也位于南方，就称其国为‘南蛮国’，称这些西欧人为南蛮人。】，以及他们所讲说的奇特的道理，全都很感兴趣。
二十六日，信长在天王寺布下本阵，指挥大军包围了野田和福岛两城。细川昭元、三好长逸、斋藤龙兴、长井道利等敌将虽然聚兵号称八千，却多是乌合之众，龟缩在城中不敢出战。守城诸将中香西佳清与三好政胜两人早就暗通信长，在阴谋败露后，于二十八日逃出城去，前往天王寺谒见信长。这一事件使城守军士气更为低落，被迫提出和谈的请求。但信长希望经此一战，可以基本上解决三好残党问题，因此拒不应允。
织田信长的拥护者称延历寺僧侣披着宗教外衣一贯胡作非为，怀拥美女、娈童，口啖酒肉，根本违背了佛教尤其是本宗天台宗的教义，不杀不足以平民愤。当然，事情并不那样简单，数百年来，佛教势力渗透入日本社会政治的每一个角落，尤其是畿内的大寺院往往拥有大量地产，豢养僧兵，直接影响和干涉国家政治，不扫灭这些腐朽的守旧势力，彻底地把政教分离开来，是谈不上建立新的统治秩序的——这才是信长讨伐比叡山的本意。
山科言继从信长出生前就与胜幡织田氏保持着密切的联系。天文二年（1533年），也就是信长诞生前一年，七月份，山科言继和飞鸟井雅纲两位公卿受邀前往尾张，教授那些乡下人和歌和蹴鞠（踢球）技艺，受到织田信秀的盛情款待——当时言继二十五岁。
为了救援三好残党和石山本愿寺，浅井、朝仓联军于九月十六日再度大举南下，杀入坂本口。这一险恶态势，是信长预先未能料到的。守备宇佐山城的织田方大将森可成立刻挥军与敌交战，虽然取得了一场小战斗的胜利，却在次日被敌人分割包围，壮烈战死。
当然，这“再做决定”只是空额支票，信长可以把朝廷供奉起来，可以让贵族们吃喝不愁，却不会让他们重新占有大量地产的。只是在面对武家传奏的时候，劝修寺晴丰之流害怕信长的威势，往往是战战兢兢，汗不敢出，山科言继则要轻松得多，信长似乎完全把他当成一位父执辈来关照。
不过根据近年来的考古发掘所得，延历寺的建筑在本年以前就大多遭到毁弃了，并且没有发现多少火烧的痕迹。同时一部分文献史学的研究者也提出了类似旁证，即在当时公卿们的日记，比如山科言继的《言继卿记》中，虽然记载了信长讨伐比叡山，杀死数千人的事情，却并没有放火焚寺的文字——此事的真伪是非，还是一个历史之谜。
得到了朽木元纲的承诺，信长立刻亲率大军进至近江国中岛砦，尝试彻底平定江南的国人一揆和一向一揆势力。经过激战，织田军终于攻陷了一揆的重要据点志村城，保证了进出比叡山附近的通路。
《日本史》中对信长的性格描述则为：“他极度好战，受过专业的军事训练，脾气非常暴躁，但同时充满正义感，时而显露出慈悲平和的另一侧面。他从不以对方的出身高低来改变自己的态度，往往和卑贱者交谈甚欢。他重视名誉，城府很深，经常隐藏自己的真实意图。喜欢独断独行的信长，蔑视一切传统规则，也很少听从部下的谏言——这也使其深受部下的敬畏。他很少饮酒，轻视全日本的王侯，在与别的王侯说话的时候，习惯采取俯视的态度，仿佛对待自己部下一般。”
然而织田信长却不同，信长想用武力来平定乱世，开创一个不同于室町幕府的新的统治政权。信长的思维敏锐、爱憎分明，这在除《信长公记》外的另外两本重要历史文献——《言继卿记》和《日本史》中，都有着详细而生动的描述。三部史料分别从武士、公卿、传教士三个截然不同的角度，为我们勾勒出织田信长的全貌。
作为本愿寺分院的愿证寺，很快就成为一向宗徒在东海道地区的重要据点。且说这长岛之地原属伊势国人领主伊藤氏所管辖，其统治中心是在愿证寺南方不远处的长岛城。长岛地方河流沟渠纵横，水中浮现多个小岛，这些小岛被称为“轮中”，而长岛城与愿证寺就位于同一个“轮中”上。一山难容二虎，因为愿证寺势力并非甘心和平地传教，他们与伊藤氏不断争夺对附近百姓的控制权，就此引发了长年的争斗。
信长毕生，给朝廷进献的金钱和宝物数也数不清，然而当朝廷要求恢复被武士们强夺走的“御料地”，比如西冈宝菩提院的领地、丹波国新屋庄的领地等等，信长却坚决不肯让步了。当言继因为后一件事亲自前往岐阜城拜会信长的时候，信长婉言谢绝了他的请求，但同时赠给言继二十贯钱，并且好言抚慰说：“事情还可商量，等我明春上京时咱们再做决定吧。”
「第一次长岛合战」
此战织田方损失较大，马迴大将坂井政尚战死，四面皆敌的信长只好再次扛出室町将军足利义昭这尊泥菩萨来使用了，义昭虽不甘愿，但他仍旧身处信长的势力范围内，也只得乖乖就范。于是，十一月二十八日，在足利义昭和公卿二条晴良的调解下，对战双方开始和平谈判，最终决定停战退兵，江北三分之二归属织田家，三分之一归属浅井家，延历寺仍保有旧领。
信长金崎撤退的时候，因为浅井军堵住了琵琶湖东岸，他被迫转道琵琶湖西岸，打算经过朽木谷回归京都。可是当天半夜跑近朽木谷城一看，只见城门紧闭，毫无放他通过的迹象——当时江州局势晦暗不明，朽木元纲是没道理明确亮出旗号，站到信长一边去的吧。
「火烧比叡山」
就这样，谈判破裂，双方正式交锋。
信长虽然依靠军事行动未能取胜，但随即靠着巧妙的政治和外交手段，终于获得了江北大片领土的合法支配权，使得此后浅井长政陷入了被近在咫尺的织田军侵袭骚扰，疲于奔命的窘困境地。
《日本史》的作者路易斯·弗洛伊士乃是天主教耶稣会的教士。天主教最早在天文十八年（1549年），也即信长十六岁的时候传入日本，很快就发展至数十万信众。织田信长上洛的时候，弗罗伊士正居住在京都，开展传教活动，他记述了织田军的严明军纪给当地居民所留下的深刻印象，并且记载了这样一件事：
「硝烟京墼」
织田信长对这个近在卧榻之侧的势力一直保持着高度警惕。不过愿证寺并非无根之草，在他背后还有石山本愿寺，还有庞大并且繁多的各地一向宗信徒团体，所以他虽然统一尾张，吞并伊势，却还并不敢向长岛下手。领兵上洛的时候，信长派弟弟织田信兴担任尾张国小木江城（今爱知县弥富町）城主，以监视长岛一向宗徒的动静。
况且传说浅井长政起兵的时候，还暗派使者前往京都二条城去通知了足利义昭，义昭闻言大喜过望：“这下子，那个可恶的信长肯定要没命了！”于是秘密下令附近各从属于他的国人领主准备袭击信长的败军，朽木元纲应该也接到了这份指令。
作为一种外来的宗教，想要顺利传教，就必须和当地的实权派搞好关系。在传教士们进入畿内以后，他们首先想到要打招呼的乃是摄津守护三好义继，还有佛教的大寺院——比叡山延历寺，在得到上述两者的允诺以后，才可以对贵族、武士和百姓传教，才能开设天主教堂。现在既然畿内的统治者换成了织田信长，传教士们当然必须前往趋奉，就在这种背景下，弗洛伊士见到了信长。
九月十三日深夜，石山本愿寺内警钟突然鸣响，划破寂静的长夜——信长在明瞭了显如上人的真意以后，为防对方增援野田、福岛两城，决定抢先下手，终于对这座宗教圣地发起了猛烈的进攻。织田军动用了大铁砲（大口径火枪）轰击本愿寺，显如上人则派根来、杂贺、汤穿等纪伊国擅长使用铁砲的家族，以成百上千梃铁砲与织田军对射，一时间硝烟弥漫，震动天地。
在平定江南一揆以后，延历寺已成瓮中之鳖，于是织田信长亲率大军来到山下，要完成他去年许下的诺言，把这座宗教圣山夷为平地。家臣佐久间信盛、武井夕庵等对此表示异议，立刻遭到信长的痛骂。
《日本史》和《日本王国记》中，都罗列信长的爱好如下：“他喜欢名茶器、良马和好的刀剑，喜欢放鹰捕鸟（鹰狩），喜欢观看大力士们的裸体相扑……”
比叡山延历寺因为去年拒绝织田信长臣服的要求，被信长看作眼中钉、肉中刺，尤其在经过与本愿寺一向宗徒的较量以后，使信长对披着宗教外衣的割据势力更为憎恨。本年元旦，他在岐阜城接受众将觐见贺年时，就曾明确表示过：“今年的第一目标，就是攻打比叡山！”
继莲淳以后，实惠、证惠、证意等人先后成为愿证寺的住持，经过这四代七十多年的不懈努力，终于把伊藤氏的势力驱逐了出去。不仅如此，附近大大小小的国人领主全都自愿或被迫成为了一向宗的信徒，长岛地区变成了一个宗教独立王国。
在言继的描述中，信长是个很和蔼可亲的人，“尊王”之志非常诚恳而迫切。虽然他也很明白信长是想利用朝廷来制衡室町幕府，但在自己的日记中当然不会有所提及。当年九月份，朝廷打算为先帝——后奈良天皇——举行第十三回祭祀法会，请求诸侯们募捐，山科言继不顾六十一岁的高龄前往三河去拜会德川家康。当路过崎阜城的时候，他受到了信长的热情款待，信长还许诺说：“万一德川氏的献金数额不如尊意，我会再捐出两百贯来让您带回京都去的。”为此还专门立下了文书。
「石山战争的开端」
日本原本并没有本土宗教，大约六世纪的时候，佛教传入日本，很快就生根发芽，并且长成为繁茂的大树。此后日本贵族为了保护本土文化，又创造了神道教，不过神道教在相当长时间内缺乏完整的体系，只是一种信仰而谈不上是宗教。并且日本的佛教和神道信仰逐渐融合在一起，我中有你，你中有我，很难加以区分了。
在上洛的当年，信长就允准了传教士们所请，拨给京都四条的一片土地盖建教堂，并且起名为“永禄寺”。比叡山延历寺的僧侣闻听此事大为恼火，于是向朝廷提起诉讼，称：“以年号为寺名，乃是无比的殊荣，全日本寺庙也只有我们延历寺有资格并且也得到了这种殊荣，南蛮邪教，怎敢与镇护日本的延历寺相比肩呢？”信长无奈，只好将永禄寺改名为南蛮寺。
朽木信浓守元纲在近江国内可谓大名鼎鼎，无人不知，无人不晓。他本是琵琶湖西朽木谷地方的国人领主，最初从属于六角氏，后来浅井长政联合朝仓军攻打六角义贤的时候，他就转而归附了朝仓氏。等到信长上洛，书信到处，元纲表示愿意拥戴足利义昭将军，于是名义上又变成了义昭的从属。
言继长年为了朝廷的财政复兴而四处奔走，他的主要任务有两个，一是向各地诸侯募捐，二是请求诸侯们恢复朝廷的“御料地”，也就是被侵吞的朝廷的地产。大部分情况下，他的努力都会化为泡影，不是碰上战乱，就是蹭一鼻子灰，只有织田信秀等少数战国大名对他礼遇有加。基于这一层关系，当织田信长上洛以后，朝廷就派当时就任权（权即额外之意，指超额多设的官位）中纳言的山科言继担任“武家传奏”，负责和织田信长联络、交涉的工作。
《言继卿记》是一本日记体的著作，其作者为与织田信长关系最为密切的朝廷公卿山科言继。